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网络分析

Awesome Network Analysis

An awesome list 资源来构建，分析和可视化网络数据.

受启发 Awesome Deep Learning, Awesome Math 和别的.

>美国政治博客网络 Adamic and Glance (2004) (preprint).

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• Books
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Books

Classics

• A Novitiate in a Period of Change: An Experimental and Case Study of Social Relationships, by Samuel F. Sampson (unpublished PhD dissertation, 1968).
• Social Network Analysis, by John Scott (2017).
• Social Network Analysis. Methods and Applications, by Stanley Wasserman and Katherine Faust (1994).
• The Structure and Dynamics of Networks, edited by Mark E.J. Newman, Albert-László Barabási and Duncan J. Watts - 600 pages of classic network analysis articles (2006).

Dissemination

>针对非技术受众的无障碍介绍.

• Connected: The Surprising Power of Our Social Networks and How They Shape Our Lives, by Nicholas A. Christakis and James H. Fowler (2009).
• Linked: The New Science of Networks, by Albert-László Barabási (2002).
• Network Literacy: Essential Concepts and Core ideas, by the NetSciEd team (c. 2016) - Available in several languages (paper).
• Nexus. Small Worlds and the Groundbreaking Theory of Networks, by Mark Buchanan (2003).
• Six Degrees: The Science of a Connected Age, by Duncan J. Watts (2003).

General Overviews

• Encyclopedia of Social Networks, edited by George A. Barnett - Covers all sorts of network-related themes (many of them not formal) as well as social network analysis (2011).
• Encyclopedia of Social Network Analysis and Mining, edited by Reda Alhajj and Jon Rokne (2014).
• Network Science, by Albert-László Barabási - Full book online (2016).
• Network Science, by the U.S. National Research Council - Full book online (2005).
• Network Science: Theory and Practice, by Ted G. Lewis (2011).
• Networks. An Introduction, by Mark E.J. Newman (2010).
• Networks, Crowds, and Markets: Reasoning About a Highly Connected World, by David Easley and Jon Kleinberg - Full pre-publication draft (review; 2010).
• Réseaux sociaux et structures relationnelles, by Emmanuel Lazega, in French (2014).
• The SAGE Handbook of Social Network Analysis, edited by John Scott and Peter J. Carrington (2011).
• Sociologie des réseaux sociaux, by Pierre Mercklé, in French (2011).
• Social and Economic Networks, by Matthew O. Jackson (2008).
• Social Network Analysis with Applications, by Ian McCulloh, Helen Armstrong and Anthony Johnson (2013).
• Social Networks: An Introduction, by Jeroen Bruggeman (related material; 2008).
• Studying Social Networks. A Guide to Empirical Research, by Marina Hennig et al. (2013).
• Understanding Social Networks. Theories, Concepts, and Findings, by Charles Kadushin (2012).

Graph Theory

• Combinatorics and Graph Theory, by John Harris, Jeffry L. Hirst and Michael Mossinghoff (2008).
• The Fascinating World of Graph Theory, by Arthur Benjamin, Gary Chartrand and Ping Zhang (2015).
• Graph Theory, by John A. Bondy and Uppaluri S.R. Murty (2008).
• Graph Theory, by Reinhard Diestel - Full book online, also in Chinese and German (2016).
• Graph Theory, by Frank Harary - Full book online (1969).
• Graphs & Digraphs, by Gary Chartrand, Linda Lesniak and Ping Zhang (2016).
• Introduction to Combinatorics and Graph Theory, by Daniel Guichard - Full book online (2016).
• Modern Graph Theory, by Belá Bollobás (1998).

Method-specific

• Bayesian Networks in R with Applications in Systems Biology, by Radhakrishnan Nagarajan, Marco Scutari and Sophie Lèbre (website; 2013).
• Bayesian Networks with Examples in R, by Marco Scutari and Jean-Baptiste Denis (website; 2014).
• The Book of Trees. Visualizing Branches of Knowledge, by Manuel Lima - Hundreds of beautiful tree diagrams, from all periods of history (2014).
• Exponential Random Graph Models for Social Networks, edited by Dean Lusher, Johan Koskinen and Garry Robins (2013).
• Generalized Blockmodeling. Structural Analysis in the Social Sciences, by Patrick Doreian, Vladimir Batagelj and Anuška Ferligoj (2004).
• Handbook of Graph Drawing and Visualization, edited by Roberto Tamassia (chapter proofs; 2013).
• Handbuch Historische Netzwerkforschung. Grundlagen und Anwendungen, edited by Marten Düring et al., in German (2016).
• An Introduction to Exponential Random Graph Modeling, by Jenine K. Harris (2014).
• Knoten und Kanten. Soziale Netzwerkanalyse in Wirtschafts- und Migrationsforschung, edited by Markus Gamper and Linda Reschke, in German (2010).
• Knoten und Kanten 2.0. Soziale Netzwerkanalyse in Medienforschung und Kulturanthropologie, edited by Markus Gamper, Linda Reschke and Michael Schönhuth, in German (2012). - [Knots and Edges III. 历史和政治研究中的社交网络分析]（），由Markus Gamper，Linda Reschke和MartenDüring编辑，德语和英语（2015）. -推理网络分析，作者：Skyler J. Cranmer，Bruce A. Desmarais和Jason Morgan（即将出版）.
• Multilevel Network Analysis for the Social Sciences, edited by Emmanuel Lazega and Tom A.B. Snijders (2016).
• Multivariate Network Visualization, edited by Andreas Kerren, Helen C. Purchase and Matthew O. Ward (2014).
• Network Analysis in Archaeology, edited by Carl Knappett (2013; review in French).
• Network Analysis: Methodological Foundations, edited by Ulrik Brandes and Thomas Erlebach - Covers network centrality, clustering, blockmodels, spatial networks and more (2005).
• Political Networks. The Structural Perspective, by David Knoke (1994).
• Social Network Analysis for Ego-Nets: Social Network Analysis for Actor-Centred Networks, by Nick Crossley et al. (2015).
• Understanding Large Temporal Networks and Spatial Networks, by Vladimir Batagelj et al. (2014).

Software-specific

• Algorithmic Graph Theory and Sage, by David Joyner, Minh Van Nguyen, and David Phillips - Full book online (2013).
• Analyzing Social Networks (using UCINET), by Stephen P. Borgatti, Martin G. Everett and Jeffrey C. Johnson (2013).
• A User’s Guide to Network Analysis in R, by Douglas A. Luke (2015).
• Data Science and Complex Networks: Real Case Studies with Python, by Guido Caldarelli and Alessandro Chessa (2016).
• Exploratory Social Network Analysis with Pajek, by Wouter de Nooy, Andrej Mrvar 和 Vladimir Batagelj (2011; also in Japanese 和 in Chinese).
• Gephi Cookbook (2015).
• Graph Drawing Software (covering many programs), edited by Michael Jünger and Petra Mutzel (2004).
• Introduction to Social Network Methods (using mostly UCINET), by Robert A. Hanneman and Mark Riddle - Full book online (2001).
• Mastering Gephi Network Visualization, by Ken Cherven (2015). -GaborCsárdi，Thomas Nepusz和Eduardo M. Airoldi编写的《使用R / igraph_进行网络分析》（正在准备中）. -托马斯·内普斯（Thomas Nepusz），加博尔·卡萨迪（GaborCsárdi）和爱德华多·M·艾罗迪（Eduardo M.
• Network Graph Analysis and Visualization with Gephi, by Ken Cherven (2013).
• Social Network Analysis for Startups. Finding Connections on the Social Web (using Python), by Maksim Tsvetovat and Alexander Kouznetsov (code; 2011).
• Statistical Analysis of Network Data with R, by Eric D. Kolaczyk and Gabor Csárdi (R package; 2014).

Topic-specific

• Communities and Networks: Using Social Network Analysis to Rethink Urban and Community Studies, by Katherine Giuffre (2013).
• Comparing Policy Networks. Labor Politics in the U.S., Germany, and Japan, by David Knoke et al. (1996).
• The Connected Past. Challenges to Network Studies in Archaeology and History edited by Tom Brughmans, Anna Collar and Fiona Coward (2016; companion website).
• The Development of Social Network Analysis: A Study in the Sociology of Science, by Linton C. Freeman, in English and several other languages (2004; follow-up paper, 2011).
• Dynamical Networks in Psychology: More Than A Pretty Picture?, by Laura Bringmann (2016; PhD dissertation).
• Dynamical Processes on Complex Networks, by Alain Barrat, Marc Barthélemy and Alessandro Vespignani (2008).
• Fundamentals of Brain Network Analysis, by Alex Fornito, Andrew Zalesky and Edward Bullmore (2016).
• Inside Criminal Networks, by Carlo Morselli (2009).
• Neighbor Networks. Competitive Advantage Local and Personal, by Ronald S. Burt (2010).
• Network Analysis Literacy. A Practical Approach to the Analysis of Networks, by Katharina A. Zweig (2016).
• Networks in Social Policy Problems, edited by Balázs Vedres and Marco Scotti (2012).
• The Oxford Handbook of the Economics of Networks, edited by Yann Bramoullé, Andrea Galeotti and Brian Rogers (2016).
• Policy Debates as Dynamic Networks: German Pension Politics and Privatization Discourse, by Philip Leifeld (2016).
• Small Worlds: The Dynamics of Networks between Order and Randomness, by Duncan J. Watts (2003).
• Theories of Communication Networks, by Peter Monge and Nosh Contractor (2003).
• The Chessboard and the Web. Strategies of Connection in a Networked World, by Anne-Marie Slaughter (2017); applies network science to world politics.
• Towards Relational Sociology, by Nick Crossley (2011). - [事物的连通性. 网络和网络的文化历史[物联网. 网和网络的文化史]]（http://www.kulturverlag-kadmos.de/buch/die-verbundenheit-der-dinge.html），作者塞巴斯蒂安·吉斯曼（SebastianGießmann），德语（2014年）. - [国家社会主义制度下的隐藏社会网络. 柏林受迫害犹太人援助网络的出现和运作[国家社会主义中的隐藏社会网络：受迫害犹太人的柏林援助网络的起源和工作方法]]（http://www.degruyter.com/view/product/432196） ，作者：MartenDüring，德语（2015年； related publications 和 video presentation in English).
• Visualisierung komplexer Strukturen. Grundlagen der Darstellung mehrdimensionaler Netzwerke, by Lothar Krempel, in German.

Conferences

>有关网络分析的定期会议.

• ASONAM - IEEE/ACM International Conference on Advances in Social Networks Analysis and Mining.
  • SNAA - Workshop on Social Network Analysis in Applications.
• CNDay - Cambridge Networks Day -由Cambridge Networks Network召集.
• CompleNet - International Workshop on Complex Networks.
• EUSN - European Conference on Social Networks.
• GD - International Symposium on Graph Drawing and Network Visualization.
• PolNet - Annual Political Networks Workshops and Conference -由APSA政治网络组织科（PolNet）组织.
  • Videos from the Political Networks 2009 Conference.
• NetSci - International School and Conference on Social Networks -由网络科学协会（NetSci）组织.
  • Large-scale Structures in Networks: Hidden Communities and Latent Hierarchies -说话 Dan Larremore 在NetSci 2019上.
• Sunbelt - Social Networks Conference of the International Network for Social Network Analysis -由国际社交网络分析网络（INSNA）组织.

Courses

• Complex Networks，作者：Peter Sheridan Dodds（佛蒙特大学，2016年； Twitter： @networksvox).
  • Tarot Cards for Principles of Complex Systems and Complex Networks.
• Graph Theory and Applications，Paul Van Dooren着-完整的演讲幻灯片（汉密尔顿学院，都柏林，2009年）.
• Graph Theory (Mathematics)，作者：克里斯托弗·格里芬（Christopher Griffin）-完整的演讲注解（宾夕法尼亚州立大学，2012年）.
• Network Analysis and Modeling (Computer Science)，作者Aaron Clauset-完整的演讲幻灯片和阅读资料（科罗拉多大学，2014年）.
• Networks, Complexity and Its Applications (Media Arts and Sciences)，作者：Cesar Hidalgo（MIT，2011年）.
• Networks, Crowds and Markets，由David Easley，Jon Kleinberg和Eva Tardos（presentation ; 康奈尔大学（edX），2016年.
• Networks (Economics)（作者：Mardavij Roozbehani和Evan Sadler）（麻省理工学院，2018年）.
  • Networks (Economics)，由Daron Acemoglu和Asu Ozdaglar撰写（麻省理工学院，2009年）.
• Network Science (Computer Science)，由Constantine Dovrolis撰写-主要是开放阅读资料（Georgia Tech，2015年）.
• Network Science (Physics)，作者：Albert-LászlóBarabási，Sean Cornelius和Roberta Sinatra（东北大学，2015年）.
• Political Networks: Methods and Applications（作者：Zeev Maoz，加州大学戴维斯分校，2012年）.
• Social and Economic Networks: Models and Analysis，作者：Matthew O. Jackson（斯坦福大学，Coursera出版社，2015年）.
• Social Network Analysis，由Lada Adamic（密西根大学，Coursera发行，尚未运作）.
• Social Network Analysis 和 Intermediate Social Network Theory, by Matthew J. Denny - Workshop notes 和 slides (2014–5).
• Social Network Analysis with Pajek，作者：Andrej Mrvar（卢布尔雅那大学，2016年）.
• Social Networks，作者：Dennis M. Feehan（伯克利大学，2017年）.
• The Structure of Information Networks，作者：乔恩·克莱因伯格（Jon Kleinberg）-链接至许多不同的读物（康奈尔大学，2008年）.

Datasets

• Animal Social Network Repository - 大 ”multi-species repository of social networks.”
• Bayesian Network Repository.
• Bill Cosponsorship Networks in European Parliaments -R格式的立法共同赞助网络.
• Colorado Index of Complex Networks (ICON) -由Aaron Clauset研究小组描述和索引的大量网络.
• Connectome -神经连接的综合图.
• Enron Email Dataset.
• Eric D. Kolaczyk’s Network Datasets.
• Gephi Datasets.
• igraphdata -以数据为中心的R软件包.
• Interaction Web Database -生态物种相互作用.
• International Currencies 1890-1910 -45种货币之间国际联系的历史数据.
• KONECT - The Koblenz Network Collection -除其他事项外，还包括DBpedia和Wikipedia，GitHub中的协作网络（companion handbook).
• James H. Fowler’s Cosponsorship Network Data Page.
• Linton Freeman’s Network Data -超过300种UCINET格式的数据集.
• Mangal -分析，存档和共享生态网络数据的在线平台（preprint, Python package, R package).
• Manlio De Domenico’s Complex Multilayer Networks.
• Mark E.J. Newman’s Network Data (example visualizations).
• Network Repository -包含数百个现实网络的完全可搜索的数据库.
• Network Science Book - Network Datasets -网络数据集来自Albert-LászlóBarabási的_Network Science_书. 包括有关IMDB参与者，arXiv科学协作，路由器网络，美国电网，蛋白质-蛋白质相互作用，手机用户，引用网络，代谢反应，电子邮件网络和nd.edu网页的数据.
• Nexus -GraphML和igraph格式的网络数据集的存储库.
• Norwegian Interlocking Directorate, 2002-2011 -有关挪威公司性别代表的两种模式和一种模式的数据.
• Movie galaxies -电影角色交互图的数据库.
• Pajek Datasets.
• Philosophers Networks from Randall Collins’s The Sociology of Philosophies.
• Siena Datasets.
• SocioPatterns Datasets -通过 SocioPatterns 感应平台.
• Stanford Large Network Dataset Collection.
• tnet Datasets -加权网络数据.
• UCI Network Data Repository.
• UCINET Datasets -UCINET格式的网络数据.

Journals

>不能完全开放访问的期刊被标记为“门控”. 另请注意，以下列出的一些发布商是 deeply hurting 科学出版.

• Applied Network Science (Springer Open).
• ARCS – Analyse de réseaux pour les sciences sociales / Network Analysis for the Social Sciences, in English and in French (GDR ARSHS).
• Computational and Mathematical Organization Theory (Springer, gated).
• Computational Social Networks (Springer Open).
• Connections (INSNA).
• IEEE Transactions on Network Science and Engineering (IEEE).
• Journal of Complex Networks (Oxford, gated).
• The Journal of Mathematical Sociology (Taylor & Francis, gated).
• Journal of Social Structure (INSNA). Older archives.
• NETCOM. Networks and Communication Studies, in English and in French (Revues.org).
• Network Science (Cambridge, gated).
• Online Social Networks and Media (Elsevier, gated).
• REDES. Revista hispana para el análisis de redes sociales, in Spanish (INSNA).
• Social Network Analysis and Mining (Springer, gated).
• Social Networks (Elsevier, gated).

Professional Groups

• AFS RT 26 “Réseaux sociaux” -法国社会学协会（AFS）的主题网络，法语（old website).
• APSA Political Networks - Organized Section of the American Political Science Association (APSA). Twitter: @PolNetworks.
• ECPR Political Networks SG -欧洲政治研究联盟常务组. 推特： @politicalnets.
• GDR ARSHS - GDR Analyse de réseaux en sciences humaines et sociales，法语-位于巴黎的研究小组.
• Groupe FMR - Flux, Matrices, Réseaux，法文.
• INSNA - International Network for Social Network Analysis (SOCNET mailing-list).
• Mathematical Sociology Section of the American Sociological Association (ASA).
• NetSci - Network Science Society.

Research Groups (USA)

>总部位于美国的以网络为中心的研究中心，（阅读）小组，研究机构，实验室–随便您如何命名.

• Annenberg Networks Network (ANN) -在南加州大学研究社交网络的研究小组.
• Center for Applied Network Analysis (CANA) -位于南加州大学医学院的研究小组.
• Channing Division of Network Medicine -布里格姆妇女医院内科的研究部门.
• Complex Human Networks Reading Group (CoHN) -2001–2在麻省理工学院举行的研讨会的阅读清单.
• Duke Network Analysis Center.
• Interdependence in Governance and Policy Research Group -由宾夕法尼亚州立大学的Bruce A. Desmarais领导.
• Indiana University Network Science Institute (IUNI).
• Interdisciplinary Center for Network Science and Applications (iCeNSA) at the University of Notre Dame.
• LINKS Center for Social Network Analysis at the Gatton College of Business and Economics, University of Kentucky.
• NetSCI Lab at the Rutgers School of Communication and Information.
• Network Dynamics Group at the Annenberg School for Communication, University of Pennsylvania . 推特： @NDGannenberg.
• Network Interdependence in Social Systems （NISS实验室）-由俄亥俄州立大学的Skyler J. Cranmer领导.
• Network Science Center at the U.S. Military Academy (USMA) in West Point (blog).
• Network Science IGERT at the University of California at Santa Barbara (UCSB) -具有 NSF-funded 研究生课程.
• Networks, Computation, and Social Dynamics Lab -以Carter T. Butts为首. 的一部分 Center for Networks and Relational Analysis （CNRA）位于加州大学欧文分校.
• Northeastern University Network Science Institute -拥有网络科学专业博士学位.
• Northeastern University Center for Complex Network Research -由Albert-LászlóBarabási领导.
• Northeastern University MOBS Lab - Laboratory for the Modeling of Biological and Socio-technical Systems -由亚历山德罗·韦斯皮尼亚尼（Alessandro Vespignani）领导.
• Pacific Ecoinformatics and Computational Ecology Lab -生态网络（“食物网”）非营利研究小组.
• Peter J. Mucha’s Research Group at the University of North Carolina at Chapel Hill.
• Social Network Analysis Group at Stanford.
• Warren Center for Network & Data Sciences at the University of Pennsylvania.
• Yale Institute for Network Science (YINS).

Research Groups (Other)

>以网络为中心的研究中心，（阅读）小组，研究机构，实验室（如您所愿）位于美国以外.

• Cambridge Networks Network (CNN) -复杂网络上的研究网络.
• Centre for Business Network Analysis, University of Greenwich -专注于经济/组织网络分析.
• Center for Network Science, Central European University, Budapest -拥有网络科学专业博士学位.
• Complex Networks -设在巴黎的研究小组.
• Cx-Nets -四个复杂的网络研究小组之间的虚拟协作.
• Data Science Group -基于弗罗茨瓦夫的研究小组，负责研究复杂网络和其他与网络相关的主题.
• Digital Humanities -柏林马克布洛赫中心的跨学科研究人员小组，从事许多网络科学项目.
• Forschungscluster der Universitäten Trier und Mainz “Gesellschaftliche Abhängigkeiten und soziale Netzwerke”， 在德国.
• GDR Analyse de réseaux en sciences humaines et sociales –法国研究小组，有资金支持为社会科学家举办的网络分析培训和讲习班.
• Historical Network Research (HNR) -为对历史研究进行网络分析感兴趣的学者提供的平台.
  • HNR Conferences, Workshops and Other Events.
  • HNR Talks -影片，德文.
• ANR-Lab - International Laboratory for Applied Network Research -驻莫斯科国立研究大学的俄罗斯小组.
  • Theory and Methods in Network Analysis (“TMSA”) Summer Schools.
• Large Graphs and Networks -鲁汶天主教大学研究小组（official page).
• MelNet Social Network Research Group, Swinburne University of Technology.
• Mitchell Centre for Social Network Analysis, University of Manchester -目前的研究 covert networks.
• Murata Laboratory -位于东京的研究小组，研究双，三和k零件（超）网络.
• NetLab -由Barry Wellman领导的多伦多大学研究网络.
• Network Science Research Centre, Swansea University.
• Network Dynamics -麦吉尔大学研究实验室，由 Derek Ruths
• Netzwerkerei -有关犹太知识分子之间联系的历史研究项目.
• ORIO - Observatoire des Réseaux Intra- et Inter-Organisationnels -有关网络和监管的研究计划.
  • ‘Réseaux et Régulation’ Conference Cycle -在法国巴黎的Science Po举办研讨会.
• Redes-Sociales，西班牙语-位于巴塞罗那自治大学（UniversitatAutònomade Barcelona）的信息网络.
• RES-HIST : Réseaux et histoire，法文-来自历史网络研究小组的博客文章.
  • RES-HIST Conferences.
• SocioPatterns -使用无线传感器来研究社交网络数据的跨学科研究小组.
• SoNAR-C - Social Network Analysis Research Center, University of Italian Switzerland (USi).
• Topographies of Entanglements. Mapping Medieval Networks -位于奥地利科学院的研究平台，致力于将网络理论和可视化应用于中世纪历史.
• UCL Centre for Organisational Network Analysis (CONA).
• Virtual Observatory for the Study of Online Networks (VOSON) -位于澳大利亚国立大学的研究和软件开发项目.

Review Articles

Archeological and Historical Networks

>另请参见参考书目 by Claire Lemercier and Claire Zalc （有关“ 结构研究”的部分）， by the Historical Network Research Group和 by Tom Brughmans.

• Analyse de réseaux et histoire，法文（Revue historique moderne et contemporain_，2005年）.
• Analyser les réseaux du passé en archéologie et en histoire，法文（Les Nouvelles de l'Archéologie，2014年）. -[历史上的网络分析的正式方法：为什么以及如何？ [历史中的正式网络方法：为什么和如何？]]（http://www.studienverlag.at/data.cfm?vpath=openaccess/oezg-12012-lemercier&download=yes），用德语（preprint in English ; 奥地利历史杂志，2012年）.
• From Hermeneutics to Data to Networks: Data Extraction and Network Visualization of Historical Sources （Programming Historian，2015年）.
• Graph Theory and Networks in Biology (preprint ; IET系统生物学，2007年）.
• Introduction à la visualisation de données : l’analyse de réseau en histoire，法文（History and Informatics，2015）. -[引言：历史上的分析？ [简介：历史中的网络分析在哪里？]（http://revistes.uab.cat/redes/article/view/v21-bertran-guzziheeb-lemercier/299），法文（also in Spanish ; REDES，2011年）.
• Networks and History （Complexity，2002年）.
• Networks in Historical Research （在_The Historian的Macroscope_中，2013年）.
• Networks of Power in Archaeology （《人类学年鉴》，2014年）.
• Netzwerkanalyse in den Geschichtswissenschaften. Historische Netzwerkanalyse als Methode für die Erforschung von historischen Prozessen， 在德国 （Prozesse. Formen, Dynamiken, Erklärungen, 2015).
• The Roots and Shoots of Archaeological Network Analysis: A Citation Analysis and Review of the Archaeological Use of Formal Network Methods （《剑桥考古评论》，2014年）.
• Thinking Through Networks: A Review of Formal Network Methods in Archaeology （《考古学方法与理论杂志》，2013年）.

Bibliographic, Citation and Semantic Networks

• Assessing Impact and Quality from Local Dynamics of Citation Networks （Informetrics杂志，2012年）.
• Atypical Combinations and Scientific Impact （Science，2013年）.
• On Bibliographic Networks （Scientometrics，2013年）.
• Dynamic Scientific Co-Authorship Networks (Models of Science Dynamics, 2012).
• Extracting Citation Networks from Publications in Classics （《数字人文科学季刊》，即将出版）.
• Self-Citations, Co-Authorships and Keywords: A New Approach to Scientists’ Field Mobility? （Scientometrics，2007年）.
• Socio-Semantic Frameworks (preprint ; 《复杂系统的进展》，2013年）.
• Socio-Semantic Modeling of Epistemic Communities （APSA，2014年）.
• Tradition and Innovation in Scientists’ Research Strategies （《社会学年度评论》，2015年）.

Biological, Ecological and Disease Networks

• Biological Networks （《图形绘图和可视化手册》 ，2014年）.
• Interactome Networks and Human Disease （Cell，2011年）.
• Network Analysis: An Integrative Approach to the Structure of Psychopathology （《临床心理学年鉴》，2013年）.
• Network Biology: Understanding the Cell’s Functional Organization -（蜂窝）网络分析的无障碍介绍（Nature Reviews Genetics，2004年）.
• Network Medicine: A Network-based Approach to Human Disease （Nature Review Genetics，2011年）.
• Social Networks and the Spread of Infectious Diseases: the AIDS Example （Social Networks，1985年）.
• Structure and Dynamics of Molecular Networks: A Novel Paradigm of Drug Discovery. A Comprehensive Review -还包括一系列令人印象深刻的网络分析软件（Pharmacology＆Therapeutics，2013年）.

Complex and Multilayer Networks

• The Architecture of Complexity -从网络理论到复杂性理论（《 IEEE控制系统杂志》，2007年）.
• Complex Systems and Networks （_Science_的特刊，2009年）.
• Multilayer Networks in a Nutshell （凝聚态物理年鉴，2019）.
• Statistical Mechanics of Complex Networks （现代物理学评论，2002）.
• The Structure and Function of Complex Networks （SIAM评论，2003年）.

Ethics of Network Analysis

• A Cautionary Note on Data Inputs and Visual Outputs in Social Network Analysis (SNA) （[预印本] [conway2014]；《英国管理杂志》，2014年）.
• Ethical Dilemmas in Social Network Research （Social Networks，2005年）.
• Ethical and Strategic Issues in Organizational Social Network Analysis （_《应用行为科学杂志》，2003年）.

[conway2014]：https://lra.le.ac.uk/bitstream/2381/36068/2/Draft%20BJM%20Revised%20(3rd%20iteration)%20Manuscript.pdf

Network Modeling

-[用于网络分析和公开挑战的统计模型的简要历史] [fienberg2012]（计算与图形统计杂志，2012）. - Basic Models and Questions in Statistical Network Analysis （_统计调查，2017年）. - Introduction to Stochastic Actor-Based Models for Network Dynamics (preprint ; Social Networks，2010年）. -导航用于推理网络分析的统计工具的范围（《美国政治学刊》，2016年即将出版）. - Positional Analysis and Blockmodeling (<!-- preprint ; -> 计算复杂度，2012年）. - Social Network Evolution and Actor Oriented Models （数学与社会科学，1997）. - Statistical Models for Social Networks （《社会学年度评论》，2011年）. - A Survey of Statistical Network Models -书本长度评论（preprint ; _《机器学习的基础与趋势》，2010年）. - A Unified View of Generative Models for Networks: Models, Methods, Opportunities, and Challenges (video presentation; NIPS 2014 workshop 上 ”Networks: From Graphs to Rich Data”).

[fienberg2012]：http://www.stat.cmu.edu/~brian/780/hw01/Fienberg%20(2012)%20A%20Brief%20History%20of%20Statistical%20Models%20for%20Network%20Analysis%20and% 20Open％20Challenges.pdf

Network Visualization

• Explorations into the Visualization of Policy Networks （《理论政治杂志》，1999年）.
• Graphical Techniques for Exploring Social Network Data （《社交网络分析中的模型和方法》，2005年）.
• Methods of Social Network Visualization （__复杂性与系统科学百科全书_，2009； poster version).
• Social Networks （《图形绘图和可视化手册》，2013年）.

Social, Economic and Political Networks

>另请参见参考书目 by Eszter Hargittai, by Pierre François 和 by Pierre Mercklé.

• A propos de la notion de rôle dans l’analyse des relations sociales （数学与人文科学，2011年）.
• Brokerage （《社会学年度评论》，2012年）.
• Birds of a Feather: Homophily in Social Networks （《社会学年度评论》，2001年）.
• Mixed-Method Approaches to Social Network Analysis （ESRC NCRM讨论文件，2010年）.
• Network Analysis and Political Science （年度政治学评论，2011年）.
• Network Analysis for International Relations （国际组织，2009年）.
• Network Analysis in the Social Sciences （Science，2009年）.
• Networks and Trade （经济学年鉴，2018）.
• Networks in Social Psychology, Beginning with Kurt Lewin (Encyclopedia of Social Network Analysis and Mining, 2014).
• Networks in the Understanding of Economic Behaviors （Journal of Economic Perspectives，2014年）.
• Positions and Roles (The SAGE Handbook of Social Network Analysis, 2011).
• The Social and the Sexual: Networks in Contemporary Demographic Research （PSC工作文件系列，2013年）.
• Social Network Analysis in the Study of Terrorism and Political Violence (preprint ; PS：政治科学与政治，2011年）.
• Social Networks and Crime: Pitfalls and Promises for Advancing the Field （犯罪学年度评论，2019）. -城市社交网络：一些方法上的问题和可能性（The Small World, 1989).

Selected Papers

>自愿摘录的应用，认识论和方法论文章，其中许多已成为网络分析课程中的经典读物. 适用于积极进取的社会科学专业学生，很少或几乎没有接触过网络分析的知识.

• Aux sources des grands réseaux d’interactions. Retour sur quelques propriétés déterminantes des réseaux sociaux issus de corpus documentaires，由Pascal Cristofoli用法语撰写-根据大规模和在线数据回顾了关系社会学和网络分析的当前状态（Réseaux，2008年）.
• Birds of a Feather, Or Friend of a Friend? Using Exponential Random Graph Models to Investigate Adolescent Social Networks，由Steven M. Goodreau，James A. Kitts和Martina Morris撰写-指数随机图建模的逻辑和应用的可访问性介绍（Demography，2001年）.
• Chains of Affection: The Structure of Adolescent Romantic and Sexual Networks，由Peter S. Bearman，James Moody和Katherine Stovel撰写-拓扑网络分析应用于情感和性关系网络的经典示例（美国社会学杂志，2004年）.
• Coauthorship and Citation Patterns in the Physical Review，作者Travis Martin et al.-通过时态网络分析对科学出版效率和协作进行高度典型的研究（preprint ; Physical Review E，2013年）.
• The Convergence of Social and Technological Networks，由乔恩·克莱因伯格（Jon Kleinberg）撰写-讨论了互联网和社交媒体背景下的小世界效应和社会传染（ACM通讯，2008年）.
• Deux traditions d’analyse des reseaux sociaux，由Michael Eve（English version ; Réseaux，2002年）.
• Homophily and Contagion Are Generically Confounded in Observational Social Network Studies，由Cosma R. Shalizi和Andrew C. Thomas撰写-对网络扩散和影响的分析提出了非常重要的观点（Sociological Methods and Research，2011）.
• La notion de réseau complexe : du réseau comme abstraction et outil à la masse de données des réseaux sociaux en ligne，由Alain Barrat用法语撰写-复杂网络研究的无障碍入门（Communication＆Organisation，2013年）.
• Network Analysis, Culture, and the Problem of Agency，作者：Mustafa Emirbayer和Jeff Goodwin（《美国社会学杂志》，1994年），以及 Manifesto for a Relational Sociology，作者：Mustafa Emirbayer（_American Sociology __，1997）-社会联系科学的社会学基础.
• Network Theory, Plot Analysis，由Franco Moretti撰写-（虚构的）网络分析在文学研究中的示例应用（New Left Review，2011年）.
• Node Centrality in Weighted Networks: Generalizing Degree and Shortest Paths，由Tore Opsahl，Filip Agneessens和John Skvoretz撰写-探索了网络中心度和距离度量对（正）有价图的推广（Social Networks，2010； companion website).
• Scale-Free Networks，由Albert-LászlóBarabási和Eric Bonabeau撰写-“网络无处不在”论点的早期，可访问的提法（《科学美国人》，2003年）.
• Social Networks and Causal Inference，由Tyler J. VanderWeele和Weihua An撰写-回顾了网络分析产生有意义的因果关系陈述的不同方法，以及这样做的网络分析的固有局限性（Handbook of Causal Analysis for Social Research, 2013).
• The Performativity of Networks，作者：Kieran Healy-网络分析遇到了科学研究：社会网络就像金融市场一样，在很大程度上受到性能的影响，即现实可能会因其理论探究而改变（European Journal of Sociology，2015）.
• Revisiting the Foundations of Network Analysis，作者：Carter T. Butts-选择正确的网络表示形式来研究问题.
• Robust Action and the Rise of the Medici, 1400-1434，作者：约翰·帕吉特（John F. Padgett）和克里斯托弗·安塞尔（Christopher K. Ansell）-佛罗伦萨复兴时期国家权力关系的经典分析（美国社会学杂志，1993年）.
• The Strength of Weak Ties，由Mark Granovetter撰写-将网络分析应用于社会问题的经典范例：求职（American Journal of Sociology，1973）.
• The Ties that Divide: A Network Analysis of the International Monetary System, 1890–1910 （《经济史杂志》，2005年）和 The Empirics of International Currencies: Network Externalities, History and Persistence （《经济日报》，2009年），马克·弗兰德劳（Marc Flandreau）和克莱门斯·乔布斯特（Clemens Jobst）都-19世纪末期外汇系统的网络分析（data).
• Topics in Social Network Analysis and Network Science，由A. James O'Malley和Jukka-Pekka Onnela撰写-网络分析简介，共50页，其中包含各个方面的详细信息（_《卫生服务研究手册》，即将发布，2017年）.

Software

>有关为什么此部分列表可能对某些人有用的提示，请参阅 Mark Round’s Map of Data Formats and Software Tools (2009).
>本节中的几个链接来自 NetWiki Shared Code 页面，来自Cambridge Networks Network List of Resources for Complex Network Analysis，并从 Software for Social Network Analysis Mark Huisman和Marijtje AJ van Duijn的专页. 有关该主题的最新学术评论，请参见 Social Network Algorithms and Software 国际社会与行为科学百科全书，第二版（2015年）.
>另请参阅 Social Network Analysis Project Survey (blog post），这是对社交网络分析工具进行图表绘制的早期尝试，该工具链接到此列表中未包含的许多商业平台，例如 Detective.io . 维基百科英文条目 Social Network Analysis Software 还可以链接到许多非常昂贵，过时的商业广告，而从任何合理的标准来看，这些商业广告都不是太棒了.
>以软件为中心的教程列在其选择的程序下方：列出了其他教程 in the next section.

• ArcGIS Network Analyst -基于网络的空间分析软件，用于解决复杂的路由问题.
• CFinder -跨平台Java程序，用于通过集团渗透方法（CPM）来识别集群和社区.
• Circos -用Perl编写的跨平台程序，用于生成网络数据的圆形布局.
• Cytoscape -跨平台的Java程序，用于构建，分析和可视化网络. 也是一个JavaScript库.
  • Network Analysis with Cytoscape Tutorial -通过考古和地理案例研究说明（2013年）.
• Discourse Network Analyzer (DNA) -具有网络导出功能的定性内容分析工具，以Java编写，具有R集成.
• E-Net -用于自我网络分析的Windows程序.
• EgoNet -用于自我网络分析的跨平台Java程序.
• EgoWeb -用于社交网络数据收集和处理的服务器端软件.
• easyN -旨在表示和共享基因相互作用网络以及Petri网络模型的在线工具.
• Gephi -用于网络可视化的跨平台，免费和开源工具.
  • Clément Levallois’ Gephi Tutorials.
  • Geographische Netzwerkvisualisierung mit dem Programm ‘Gephi’，德语（2016年）.
  • Introduction to Network Analysis and Visualization with Gephi (2015).
  • Practical Social Network Analysis With Gephi (2014).
• GLEAMviz Simulator -旨在预测人类流行病的跨平台工具.
• Graph Commons -用于映射，分析和发布数据网络的协作平台.
• Graphviz -跨平台软件，以DOT图形绘制语言绘制图形.
• Graphy -用Ruby编写的图论库.
• GraphX - Apache Spark 模块执行图相关的并行计算.
• Linkage -在线工具，可对带有文字边缘的网络进行可视化和建模.
• Lynks -用于简单网络分析和可视化的基于Web的工具.
• Mathematica -具有图论和网络分析功能的跨平台程序.
  • IGraph/M -使用标准MathematicaGraph对象从Mathematica内部使用igraph库的接口.
• Metamaps -免费的开源平台来吸引网络，目前处于测试阶段.
• MuxViz -基于R和GNU Octave的跨平台，免费和开源工具，用于研究多层网络.
• Neo4j -开源，可扩展的图形数据库，供诸如 Linkurious.
• Network Canvas -一套收集个人网络数据的工具（在早期开发中）.
• Node Overlap and Segregation Software -基于网络的工具进行计算 Strona and Veech的节点重叠和隔离措施.
• Nodegoat -基于Web的数据管理，网络分析和可视化环境（blog).
• NodeXL -免费的开放源代码模板，可使用Microsoft Excel探索网络图.
  • The NodeXL Series -有关使用NodeXL的一系列博客文章（2013）.
• ORA-LITE -用于动态元网络评估和分析的Windows程序.
• OSoMe -基于Web的平台，用于分析社交媒体数据，包括通过基于Twitter的同现网络.
• Pajek -Windows程序，用于大型网络分析，免费用于非商业用途.
  • Analyse des réseaux : une introduction à Pajek，法文（2011）.
  • La détection de communautés avec Pajek 3.6，法文（2012）.
• Palladio -基于Web的空间网络可视化工具 Humanities + Design research lab at Stanford University.
• PARTNER - Program to Analyze, Record, and Track Networks to Enhance Relationships -基于Excel的工具，可用于通过调查构建网络.
• PIGALE - Public Implementation of a Graph Algorithm Library and Editor -Windows程序和C ++库，用于分析平面图.
• PNet -用Java for Windows编写的（单模和多级）指数随机图模型（ERGM）的仿真和估计.
• Polinode -基于Web的平台，用于分析网络数据以及通过基于关系的调查收集网络数据.
• PUCK - Program for the Use and Computation of Kinship data -用于谱系网络分析的跨平台Java程序.
• Radatools -建立在以下基础之上的用于分析复杂网络的工具集 Radalib，用Ada编写的图书馆.
• SageMath -具有广泛功能的免费开源数学软件 graph capabilities.
• Segrada -跨平台工具，用于构建和可视化语义图数据库.
• Siena -经验网络分析的仿真调查. 以前是Windows程序，现在作为RSiena R软件包开发.
• SocNetV - Social Network Visualizer -跨平台程序，其中包括 simple Web crawler 构建超链接网络.
• SoNIA - Social Network Image Animator -可视化动态或纵向网络数据的工具. 以前是 Java program (example movies），现在作为ndtv R软件包开发.
• SparklingGraph -跨平台工具，可通过Apache Spark的GraphX模块执行大规模的分布式网络计算； 用Java和Scala编写.
• SPaTo Visual Explorer -跨平台程序，用于可视化和探索复杂的网络.
• StOCNET -由与Siena相同的团队开发的多个Windows程序.
• Tulip -基于C ++库构建的跨平台网络分析和可视化框架，带有专用于特定生物和物理网络的插件. 也可以通过其 Python package.
• UCINET -Windows商业软件包，用于分析社交网络数据.
• Uberlink -用于（在线）网络分析的软件套件 VOSON 研究项目.
  • VOSON System -基于Web的软件，用于收集和分析在线网络数据.
  • VOSON Data Provider for NodeXL (quick tutorial ; （将于2016年停产）.
  • vosonR -VOSON软件的R客户端（正在开发中）.
• UNISoN -跨平台程序，用于下载和可视化Usenet数据. Developed for a Masters degree.
• VennMaker: An Actor-Centered Interactive Network Mapping Tool -用于自我网络分析的跨平台Java程序.
  • VennMaker for Historians: Sources, Social Networks and Software （也提供西班牙语； 2011年）.
• Visone -跨平台的Java网络分析和可视化程序，免费用于非商业用途.
  • Network Analysis with Visone Tutorial -通过考古案例研究说明（2015年）.
• Vizster -跨平台的Java程序，用于可视化在线社交网络.
• VOSviewer -用于构建和可视化文献计量网络的跨平台Java工具.

Algorithms

>下一部分中的任何部分都不适合的网络放置和社区检测算法.
>另请参阅 Awesome Algorithms 和 Awesome Algorithm Visualization 列出更多算法上的出色功能.

• algo.graph -用Clojure编写的基本图论算法.
• CONGA and CONGO -用Java编写的用于检测网络中重叠社区的算法.
• ForceAtlas2 -Gephi中包含了受力控制的布局（paper).
• Linkcomm - Link Communities in Complex Networks -社区检测算法，可用于C ++，Python and R.
• MixNet - Erdös-Rényi Mixture Model for Networks -社区检测方法，在C ++和R中可用.
• OSLOM2 - Order Statistics Local Optimization Method -聚类算法.
• vbmod: Variational Bayesian Inference for Network Modularity -MATLAB和Python的实现 Bayesian community detection algorithm.
• weighted-modularity-LPAwbPLUS -在双向网络中找到加权模块的两种算法的Julia，MATLAB和R实现.

C / C++

>有关更出色的C / C ++内容，请参见 Awesome C 和 Awesome C / C++ 列表.

• Benchmark Graphs to Test Community Detection Algorithms -C ++代码生成加权图和非加权图.
• BGL - Boost Graph Library -C ++库，提供访问图形结构的通用接口.
• igraph -网络分析工具的C库； 也作为Python和R的软件包存在.
• MapEquation -用于多层社区检测的Infomap方法的C ++代码.
• Louvain Method -的C ++代码 Louvain multi-level community detection algorithm.
• networks.tb -用于分析社会语义网络的C程序. 在Linux和Mac OS X上运行.
• OGDF - Open Graph Drawing Framework -用于图，网络和树布局的自包含C ++类库.
• OpenOrd: Large-scale Graph Layout (formerly DrL) -C ++算法，也可以作为 Gephi plugin.
• Stanford Network Analysis Project -C ++通用网络分析和图形挖掘库. 可以作为Python库使用，也可以通过NodeXL在Microsoft Excel中使用.
• Walktrap -实现 WalkTrap community detection algorithm.

Java

• GraphStream -用于动态图建模和分析的Java库.
• Mixer -原型展示如何使用 Apache Fluo 连续将多个大图合并为一个衍生图.

JavaScript

>有关更出色的JavaScript库，请参见 Awesome JavaScript 清单.

• Cytoscape.js -网络分析和可视化库.
• d3.js -可绘制的JavaScript可视化库 force-directed graphs.
  • d3-force: Force-directed graph layout 使用速度Verlet积分.
  • d3-vector: Define connections between nodes as directional vectors，由角度和大小组成.
• GENSI -JavaScript图形工具，用于收集以自我为中心的网络数据（paper).
• GoJS -可视化库，用于绘制图和几种类型的网络布局.
• Graphology -健壮和多用途JavaScript“ Graph”对象的规范和参考实现.
• greuler -可视化库，可通过简单的API构建和处理图形. 由d3.js和 WebCola.
• jLouvain -Java的Louvain社区检测（example).
• NetworkCube -“用于域科学家的动态网络可视化.” 有关演示示例，请参见 The Vistorian.
• Oligrapher -最初开发用于可视化的库 "networks of influence" among U.S. elites.
• Popoto.js -基于d3.js的库，该库提供了基于图的搜索界面.
• Sigma -专门用于图形绘制的JavaScript库.
• vis.js -具有网络可视化功能的JavaScript库.
• VivaGraphJS -图形绘图库（ForceAtlas2 plugin).
• viz.js -在网页中使用Graphviz.

Julia

• BayesNets.jl -可以与贝叶斯网络一起使用的软件包.
  • Smile.jl -朱莉娅包装 Smile C++ library，涵盖贝叶斯网络和影响图.
• EcologicalNetwork.jl -计算生态网络结构度量的软件包.
• EvolvingGraphs -创建，操纵和研究时间相关网络的软件包.
  • Dynamic Network Analysis in Julia.
• Graphs.jl -在Julia中操作图对象的软件包.
  • Creating Network Diagrams in Plotly from Julia.
• JuliaGraphs -用于网络分析的Julia套件套件.
  • GraphVisualize.jl -建立在 GLVisualize.jl.
  • LightGraphs.jl -图形库，注重性能和简单性.
  • LightGraphsExtras.jl -LightGraphs.jl程序包的社区检测和其他功能.
  • NetworkLayout.jl -图形和树的布局算法.
  • Networks.jl -LightGraphs.jl包的其他图形功能.
  • GraphCentrality.jl -将网络度量添加到Graphs.jl包中.
• MatrixNetworks.jl -处理图/矩阵/网络结构的方法.
• NetworkFlows.jl -网络流量算法软件包.
• NetworkViz.jl -使用以下工具包以可视化使用LightGraphs.jl生成的图形 ThreeJS.jl.
  • Video presentation of the package 由其在JuliaCon 2016上发表.
• PhyloNetworks.jl -操纵，分析和可视化系统发育网络的软件包.
• TikzGraphs -打包以使用TikZ图形语言创建图形布局.

MATLAB

>另请参见 Python 部分.

• Brain Connectivity Toolbox -用于对结构和功能性大脑连接性数据进行复杂网络分析的工具箱，其中包含许多相关项目的链接.
• Complex Networks Package for MatLab.
• CONTEST -实现9种网络模型的随机网络工具箱.
• Generalized Louvain -Louvain社区检测算法的变体.
• MatlabBGL -基于C ++ Boost图形库的图形库.
• MATLAB RBN Toolbox -随机布尔网络的仿真和可视化.

Python

>以下许多项目来自 a Google spreadsheet 由MichałBojanowski等人撰写.
>另请参见 Social Network Analysis with Python，由Maksim Tsvetovat和Alex Kouznetsov在PyCon US 2012上提供的3小时教程（code).
>有关更出色的Python软件包，请参见 Awesome Python 和 Awesome Python Books 列表.

• dash-cytoscape -由Cytoscape.js和Dash支持的Python交互式网络可视化库
• graph-tool -用于网络操作和分析的Python模块，主要使用C ++编写以提高速度.
• graphviz -DOT图形绘图语言的Python渲染器.
• GraSPy -用于单个和多个网络的统计算法，模型和可视化的Python软件包.
  • Tutorials on algorithms and models.
• hiveplot -Python工具，用于在matplotlib（更全面的网络可视化）上将网络绘制为蜂巢图.
• karateclub -使用scikit-learn之类的API在图结构化数据上进行无监督学习的Python包.
• linkpred -评估网络未来快照中潜在链接的可能性.
• littleballoffur -Python程序包，可使用类似scikit-learn的API从图结构化数据中进行采样.
• metaknowledge -Python套件，可将文献计量数据转化为作者和引文网络.
• networkx -用于创建，操作和研究复杂网络的结构，动力学和功能的Python软件包.
  • Implementing an ERGM from Scratch in Python，使用networkx和numpy（2014）.
  • nxviz -NetworkX的可视化程序包.
• npartite -用于n部分网络中社区检测的Python算法.
• PyGraphistry -Python库，用于提取，转换和直观地浏览大图.
• python-igraph - Python version of the igraph network analysis package.
• python-louvain -Louvain社区检测算法的可靠实现.
• Snap.py -SNAP（用于大型网络分析和操纵的通用，高性能系统）的Python接口.
• SnapVX -用于图上定义的问题的凸优化求解器.
• TQ (Temporal Quantities) -用于时态网络分析的Python 3库.
• webweb -MATLAB / Python库，用于使用d3.js生成交互式网络可视化.

R

>有关更出色的R资源，请参阅 Awesome R 和 Awesome R Books 列表. 也可以看看 this Google spreadsheet by Ian McCulloh 和 others.
>要将许多不同的网络模型结果转换为整洁的数据帧，请参见 broom 包. 要将许多不同的网络模型结果转换为LaTeX或HTML表，请参见 texreg 包.

• amen -关系数据的加性和乘性效应模型.
• backbone -提供仅保留显着边缘的二值化加权网络的方法.
  • Introduction to the backbone package
• Bergm -分析贝叶斯指数随机图模型（BERGM）的工具.
• bipartite -用于可视化双向（双模）网络并计算生态研究中常用指标的功能. 另请参阅：levelnet R软件包.
• blockmodeling -为有价值的网络实现通用块建模.
• bnlearn -工具 Bayesian network learning and inference (related Shiny app).
• brainGraph -用于执行大脑MRI数据图论分析的工具.
• btergm -通过自举伪似性拟合时间ERGM的工具. 还提供MCMC最大似然估计，适用于ERGM，TERGM和随机面向角色的模型（SAOM）的拟合优度，以及用于ERGM和TERGM的微观解释的工具.
• CCAS -通信网络的统计模型.
• concoR -CONCOR网络块建模算法的实现（blog post).
• ContentStructure -实现了对 Topic-Partitioned Multinetwork Embeddings (TPME) model.
• DiagrammeR -连接R，RStudio和JavaScript库以绘制图形图（blog post).
• dodgr -使用优先级队列最短路径计算双加权有向图（例如街道网络）上的距离.
• ergm -指数随机图模型（ERGM）的估计.
  • ERGM: edgecov and dyadcov Specifications.
• GERGM -广义指数随机图模型（GERGM）收敛性的估计和诊断.
• geomnet -使用ggplot2进行网络可视化的单几何方法.
• ggnetwork -使用ggplot2绘制网络对象的多几何方法.
• ggraph -基于ggplot2精神构建的图形图形语法. 另请参阅：tidygraph R软件包.
• graphlayouts -基于概念的布局算法 stress majorization.
  • Introducing graphlayouts with Game of Thrones.
  • Network Visualizations in R using ggraph and graphlayouts.
• hergm -估计和模拟具有局部依赖性的分层指数族随机图模型（HERGM）.
• hierformR –确定社交网络随时间发展形成社交等级的路径和状态.
• igraph -网络分析工具的集合.
  • Network Analysis and Visualization with R and igraph (2016).
• influenceR -计算Burt，Borgatti等人的各种节点中心网络措施.
• keyplayer -实施多项网络集中性措施.
• latentnet -网络对象的潜在位置和群集模型.
• levelnet -实验软件包，用于分析双向（两模）网络的一模投影. 另请参阅：bipartite R软件包.
• lpNet -旨在推断生物（信号，基因）网络的线性编程模型.
• ndtv -用于构建各种格式的动态网络数据的动画可视化的工具.
• neo4r -R的Neo4J驱动程序.
• networkD3 -从R创建d3.js网络图.
• netdiffuseR -分析创新网络传播的工具.
• netrankr -网络集中度索引的最新集合，其中包含大量文档.
  • Network Centrality in R: An Introduction -包括对相关R软件包的审查.
  • Network Centrality in R: Neighborhood Inclusion.
  • Network Centrality in R: New Ways of Measuring Centrality (2018).
• NetSim -模拟并组合微观模型，以研究其对社交网络宏观特征的影响.
• network -处理R中关系数据的基本工具.
• networkdata -包括979个网络数据集，其中包含2135个网络.
• networkdiffusion -模拟和可视化网络中基本的流行病传播.
• networkDynamic -支持动态（时间间）网络.
• networksis -用于模拟具有固定和指定节点度数的二部网络图的工具.
• PAFit -时间复杂网络中优先连接和节点适应性的非参数估计.
• PCIT -实施与信息论的部分相关性，以识别加权网络（例如基因共表达网络）中有意义的相关性.
• RCy3 - Interface between R and recent versions of Cytoscape.
• RCyjs -R和Cytoscape.js之间的接口.
• qgraph -建模和可视化心理测量网络的工具； 也针对加权图形模型）.
  • Network Model Selection Using qgraph 1.3 (2014).
  • qgraph Examples.
  • qgraph: Network Visualizations of Relationships in Psychometric Data (2012).
• relevent -适应关系事件模型（REM）的工具.
  • informR -从事件列表中创建序列统计信息的工具，以便在relevent中使用.
• rem -估计事件序列中的内源网络影响，并拟合关系事件模型（REM），该模型测量网络随着时间的推移如何形成和演化.
• rgexf -将网络对象从R导出到GEXF，以使用Gephi或Sigma等软件进行操作.
• Rgraphviz -支持在R中使用Graphviz库及其DOT图绘制语言.
• RSiena -经验网络分析的仿真调查； 使模型适合纵向网络数据.
• signnet 分析签名网络的方法（结构平衡，块建模，集中性等）
• sna -基本的网络构造，度量和可视化工具.
• snahelper -RStudio插件，提供用于可视化和分析网络的GUI
  • Introduction to snahelper (Part 1)
  • Introduction to snahelper (Part 2)
• SocialMediaLab -收集社交媒体数据并从中生成网络的工具（companion website, github repo).
• spectralGOF -计算光谱拟合优度（SGOF），这是衡量网络模型解释观察到的网络结构的能力的一种度量.
• spnet -处理空间社交网络的方法.
• statnet - The project behind many R network analysis packages (mailing-list, wiki).
  • Exponential Random Graph Models (ERGMs) Using statnet (2015).
  • Guides for Using the statnet Package (2010).
  • Modeling Valued Networks with statnet (2013).
• tergm -拟合，模拟和诊断时间指数族随机图模型（TERGM）的模型.
• tidygraph -建立图表结构的“整理”方法. 另请参阅：ggraph R软件包.
  • Introducing tidygraph
  • Tidying up your network analysis with tidygraph and ggraph
• tnam -适应时间和横截面网络自相关模型（TNAM）的工具.
• tnet -加权，双模和纵向网络的网络度量.
• tsna -用于时间社交网络分析的工具.
• visNetwork -使用vis.js库进行网络可视化.
• xergm -扩展了指数随机图模型（ERGM，GERGM，TERGM，TNAM和REM）.

Stata

• nwcommands: Network Analysis Using Stata (discussion, tutorials and slides).
• SNA with Stata -博客记录了netplot Stata软件包的使用.

Syntaxes

>旨在供多个程序使用的通用图语法.

• DOT -Graphviz软件使用的图形绘图语法.
• GEXF -Gephi软件使用的文件格式.
• GraphML -图形的全面且易于使用的文件格式（handbook chapter).
• JGraphT -用于图形数据结构和算法的Java图形库（example algorithms).
• JUNG - Java Universal Network/Graph Framework -表示网络对象的可扩展库.
• PGF/TikZ - Tandem 可用于在图形界面中绘制图形的矢量图形语言 LaTeX 排版环境.
  • Awesome LaTeX: TiKZ.
  • How to Draw Graphs in LaTeX?
  • TikZ Graph Examples.
  • TikZ & PGF Manual.
  • TKZ -基于TikZ的软件包.
• TLP - Tulip Software Graph Format -Tulip软件框架使用的图形语法.
• Cypher -图查询语言 Neo4j.

Tutorials

>不专注于单个特定软件包或程序的教程.

• Basic and Advanced Network Visualization with Gephi and R (2016).
• Interactive and Dynamic Network Visualization in R 和JavaScript库（2016年）.
• Nodegoat and Palladio: Introductory Workshop -针对人文主义者（2015）.
• Static and Dynamic Network Visualization with R -涵盖igraph，network，ggraph，network，networkD3，ndtv，threejs和visNetwork软件包（2019）.

Varia

>不属于其他类别的资源.

• +100 herramientas para el análisis de redes sociales -网络分析的各种应用的一长串列表，并用西班牙语进行简短描述.
• Awesome graph classification -图形嵌入论文的完整列表，包括标题，作者，论文链接和参考实现.
• Awesome community detection -社区检测论文的完整列表，包括标题，作者，论文链接和参考实现.
• Centrality Measures as a Signature of Roles in Rousseau’s Les Confessions -分析现实世界的角色网络.
• Cheat Sheet: Social Network Analysis for Humanists -组装和处理网络数据时要记住的基本概念.
• Computer Technologies for the Historical Research of Intellectual Networks -历史学家的一系列视频，其中包括MartenDüring和Scott Weingart.
• Convert Between Graph Formats -在线服务，可将多种常见图形格式相互转换.
• David Knoke on Network Analysis -长达20分钟的采访，讨论网络分析的用途和好处，并借鉴了Knoke对恐怖分子网络的研究.
• Glossary of Terms for Statistical Network Models.
• Linton C. Freeman’s Social Network Research Publications，从1955年至今.
• Mapping the Republic of Letters -早期现代奖学金研究项目（underlying software).
• Mixed-Method Approaches to Social Network Analysis -在米德尔塞克斯大学法学院举行的会议视频（2014年）.
• Modeling Complex Social Networks: Challenges and Opportunities for Statistical Learning and Inference -普渡大学的詹妮弗·内维尔（Jennifer Neville）的研讨会演讲视频（2011年）.
• NetSciEd - Network Science in Education - International initiative aimed at improving network literacy.
• (@) Network Fact -有关网络，图论和相关主题的Twitter帐户.
• Network Map of Knowledge and Art -使用SPARQL和Gephi，由DBPedia派生的网络受到谁影响了谁的直接联系.
• (@) Network Science -Twitter帐户的主题列表，由 Katherine Ognyanova.
• (@) Network Science PhDs - Twitter account. Goal: “broadcast research, opportunities, and insights among grad students studying #networkscience.”
• The Networks Network -邮件列表（主要是HNR网络的历史学家）.
• New Perspectives for Relational Learning -班夫国际研究站（BIRS）的一个研讨会的视频（及更多）（2015年）.
• Open Graph protocol -提出的将任何网页变成“社交图对象”的标准.
• Periodic Table of Network Centrality -中心指数的交互式元素周期表.
• Picking Sides -各个州和非州大国之间的中东联盟政治网络中的社区发现（updated version).
• Plan interactif du métro -使用d3.js以法语绘制的巴黎地铁网络的交互式可视化.
• Psych Networks -网站上有新闻，参考和 tutorials 关于心理数据的网络建模.
• Tutorial Paper on New Methods for Estimating Psychological Networks.
• (Psychological) Network Analysis Workshops -使用R进行的为期3天的心理网络分析研讨会.
• Should I do Social Network Analysis?.
• The Small World of Psychopathology -关于精神病症状如何相互联系的论文（code, data and graphs).
• Social Network Analysis in DBpedia -高度讲授硕士论文，展示了如何使用SPARQL和Pajek.
• SNA-DE Mailing-List， 在德国.
• SPARQL for R Tutorial - Hollywood Social Network Analysis -也使用Gephi.
• A Sociology Citation Network 和 A Co-citation Network for Philosophy -科学共引网络的示例.
• Using Metadata to Find Paul Revere 和 The Other Ride of Paul Revere: The Brokerage Role in the Making of the American Revolution -网络分析适用于美国革命者.
• Visual Complexity. An Exploration on Mapping Complex Networks -大量漂亮的网络和树可视化效果（book，也有中文和法文）.
• Visualizing Historical Networks -哈佛大学的历史网络研究项目.
  • Angoulême in 1764.
  • Economists in Cambridge.
  • The Inner Life of Empires: An Eighteenth Century History.

Blog Series

>有关网络主题的一系列博客文章.

• Archaeological Networks -汤姆·布鲁格曼斯（Tom Brughmans）的博客，主要面向考古学家和历史学家.
• Blog Posts About Networks by Aaron Clauset.
• Blog Posts About Networks by Baptiste Coulmont，法文.
• Blog Posts About Networks by Cosma R. Shalizi.
• Blog Posts About Networks by François Briatte，法文.
• Blog Posts About Networks by Katya Ognyanova.
• Blog Posts About Networks by Pierre Mercklé，法文.
• Blog Posts About Networks on the Bad Hessian Blog，由各种贡献者提供. -有关网络的博客文章 R-Bloggers，R博客的聚合者：
  • Networks.
  • Social Network Analysis.
• Cosma R. Shalizi’s Notebooks 关于网络相关主题，绝对值得在（选择性）详细信息中列出：
  • Analysis of Network Data.
  • Assortative Social Networks and Neutral Cultural Evolution.
  • Biochemical Network Evolution.
  • Citations and Citation Networks.
  • Community Discovery Methods for Complex Networks.
  • Complex Networks.
  • Experiments on Social Networks.
  • Exponential Random Graph Models (ERGMs).
  • Graph Sampling Algorithms.
  • Graph Theory.
  • Homophily and Influence in Social Networks.
  • Inferring Networks from Non-Network Data.
  • Joint Modeling of Texts and Networks.
  • Network Comparison.
  • Networks of Political Actors.
  • Relational Learning.
  • Social Contagion, Information Cascades, Diffusion of Innovations, Etc.
  • Social Networks.
  • Stochastic Block Models. - 也可以看看： An Annotated Bibliography on Stochastic Blockmodels (2019). -丹尼尔·利特尔（Daniel Little）关于社会科学哲学的博客文章：
  • Networks.
  • Social Networks. -Martin Grandjean的博客文章（主要是英语和法语）有关（主要是）网络可视化的：
  • Network Analysis.
  • Social Networks.
• Networks Demystified，由Scott B. Weingart撰写的一系列博客文章.
• Netze und Netzwerke，英语和德语-网络分析历史博客，作者：塞巴斯蒂安·吉斯曼（SebastianGießmann（old blog).
• R / Notes: Networks -弗朗索瓦·布里亚特（FrançoisBriatte）着重介绍R中的操纵网络的博客文章.
• TNT: The Network Thinkers -Valdis Krebs的博客.
• Under Roquentin’s Chestnut Tree -Moses Boudourides的博客，内容主要是使用Python分析网络. -Yannick Rochat的英文和法文有关数字人文科学的博客文章：
  • Character Networks.
  • Network Analysis.

Fictional Networks

>虚构人物网络的探索.

• Analyzing Networks of Characters in Love Actually -具有聚类分析和 Shiny app （使用R +闪亮）.
• Character Co-Occurrences in Victor Hugo’s Les Misérables，绘制为用Python（+ Javascript）编写的邻接矩阵.
• Events in the Game of Thrones 和 Places in the Game of Thrones - Networked chronologies of character alliances, kills 和 travels in the book series, drawn with d3.js.
• Lessons on Exponential Random Graph Modeling from Grey’s Anatomy hook-ups （使用R）.
• Network Analysis of Shakespeare’s Macbeth （使用Python）.
• The Network and Trajectories of Transitions among Sentential Co-Occurrences of Characters of Arthur Conan Doyle’s A Study in Scarlet （使用Python； code).
• Network Visualization: Mapping Shakespeare’s Tragedies.
• Social Network Analysis of Alice in Wonderland.
• Star Wars Social Networks: The Force Awakens - Also an example of a social network analysis written in F#.
• Universal Properties of Mythological Networks (preprint).

Network Science

>讨论“ netsci”的含义以及对其他科学学科的意义.

• Editing a Normal Science Journal in Social Science -创始编辑对_Social Networks_期刊的思考.
• The Emergence of Network Science -视频纪录片，史蒂文·H·斯特罗加兹（Steven H. Strogatz）等人参与. -来自 Albert-László Barabási’s review articles:
  • Taming Complexity.
  • The Network Takeover.
• The Invasion of the Physicists -如何出现“网络科学”.
• Isolated Social Networkers, Networks 和 Netwars 和 The Inter-Disciplinary Politics of Interdisciplinary Research or, “Hey, That Was My Idea First.” -在“网络科学”问世之前流行的一系列博客文章，但涉及与该标题下现在讨论的问题相同的问题.
• The ‘New’ Science of Networks -审查2002-2003年出版的网络科学书籍.
• Predicting Highly Cited Papers -对网络科学中下一本高引用论文的预测.
• Social Network and Network Science Co-Citations Across Disciplines in 1996-2013.
• Three Hard Questions about Network Science.
• A Twenty-First Century Science -Duncan J. Watts的随笔.
• What is Network Science? -最近的_Network Science_期刊的第一篇社论.

Small Worlds

>专注于的链接（类似） Stanley Milgram’s small-world experiment.

• The Erdös Number Project -关于数学家之间的合作关系和网络距离的研究项目.
• How Small is the World, Really? -讨论“ _x_分离度”小世界实验.
• The Oracle of Bacon -基于 online game 导致 charity.
• Panel: Six Degrees of Separation -康奈尔大学会议视频，由邓肯·沃茨，史蒂芬·H·斯特罗加茨，乔恩·克莱恩伯格和其他发言人主持.
• Patterns in the Ivy: The Small World of Metal -基于金属艺术家和乐队的双模式网络分析的示例.
• Six Degrees of Francis Bacon -记录良好的早期现代历史网络的交互式可视化.
• Six Degrees of Separation -维基百科英文条目.

Two-Mode Networks

>也称为二部图.

• L’analyse des graphes bipartis，法文（2013）.
• Basic Notions for the Analysis of Large Two-mode Networks (preprint, related code ; Social Networks，2008年）.
• Fitting Large Signed Two-mode Blockmodels: Problems and Prospects.
• Generalized Blockmodeling of Two-mode Network Data (preprint).
• Generalized Two-Mode Cores.
• Partitioning Signed Two-Mode Networks.
• Working with Bipartite/Affiliation Network Data in R (2012).

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在法律允许的范围内，此列表的作者-按时间顺序排列： François Briatte, Ian McCulloh, Aditya Khanna, Manlio De Domenico，帕特里克·卡明斯基， Ericka Menchen-Trevino, Tam-Kien Duong, Jeremy Foote, Catherine Cramer, Andrej Mrvar, Patrick Doreian, Vladimir Batagelj，埃里克·琼斯（Eric C. Jones），奥尔登·科洛夫达尔（Alden S. James Fairbanks, Danielle Varda, Andrew Pitts, Roman Bartusiak, Koustuv Sinha, Mohsen Mosleh, S和ro Sousa, Jean-Baptiste Pressac, Patrick Connolly, Hristo Georgiev, Tiago Azevedo, Luis Miguel Montilla, Keith Turner, S和ra Becker, Benedek Rozemberczki, Xing Han Lu, Vincent Labatut, David Schoch, Jaewon Chung 和 Benedek Rozemberczki – have waived all copyright 和 related or neighboring rights to this work.

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