Parasite

很棒的寄生虫 Awesome =========

>与寄生虫和宿主-病原体相互作用有关的令人惊叹的信息和开放式数据库的精选列表.

由于寄生虫的健康负担,多样性和复杂的生态学,它们是在各种学科中研究过的独特生物.

令人敬畏的寄生虫是由 Anna Willoughby 并与 EcoHealth Alliance . 欢迎捐款,请阅读 contributing guidelines.


Databases

  • Arbovirus Catalog (ARBOCAT) -CDC策划的虫媒病毒信息,包括首次隔离日期和野生动植物寄主.
  • Arctos -博物馆标本的集体管理数据库. 请参阅下面的特定集合. 数据包括地区和收集日期,任何注册帐户均可下载.
  • Benesh et al. 2017, Ecology - Extensive database with 8,510 host species associations of parasites with complex life cycles (acanthocephalans, cestodes, and nematodes). Includes life‐history data such as development time and body size for each life cycle stage of the parasites.
  • ENHanCEd Infectious Diseases Database (EID2) -从NCBI序列和PubMed中提取生物关联的数据库. 请参阅中的数据库和简要分析 Wardeh et al. 2015.
  • Global Biotic Interactions (GloBI) -可以通过“寄生虫”,“病原体”或“宿主”进行搜索的物种相互作用库.
  • Global Mammal Parasite Database 2.0 -野生有蹄类动物(动植物和皮动物),食肉动物和灵长类动物的寄生虫数据库.
  • DBatVir -从Genbank收集的蝙蝠病毒数据库,其中包含宿主特征和位置摘要.
  • DRodVir -从Genbank挑选的具有宿主特征的啮齿动物病毒数据库.
  • MalAvi -疟原虫,变形杆菌和亮细胞类属的禽血寄生虫数据库,包括选定的宿主和载体信息. 请参阅数据库描述 Bensch et al. 2009.
  • NCEAS Interaction Web data -整理了几个加拿大犯罪学地点的鱼类寄主和寄生虫数据集,包括患病率和强度信息. 食物网和植物关系中物种相互作用的较大数据库的一部分.
  • NHM Host-parasite database -从伦敦自然历史博物馆保存的科学文献中提取的寄生虫数据库. HA Baylis博士于1922年开始进行编辑,直到LNHM的工作人员一直进行到2003年的编辑工作. Wells et al. 2018 提供对该数据库的广泛分析,您可以通过R包访问数据 helminthR.
  • Olival et al. 2017, Nature -具有的哺乳动物病毒数据库 analysis.
  • PEARL -对大型无脊椎动物的保护评估.
  • PHI-base -包含影响病原性的真菌,卵菌和细菌病原体特定基因信息的数据库. 着重于农业和医学上重要的病原体.
  • PREDICT -来自美国国际开发署预测技术项目2008-2019的实地数据,该项目是全球新兴的病毒监视程序. 如果您有一个Healthmap帐户,则可以下载此数据.
  • Shaw et al. 2020 -一个由人为管理的数据库,包含12,212个宿主-病原体关联:2,595个细菌和病毒病原体,在90个宿主种群中感染了2,656个脊椎动物宿主物种. 它还包含宿主物种的线粒体基因组系统发育. Analysis 发表于《分子生态学》.
  • Virus-Host DB -由NCBI / RefSeq和GenBank中发布的基因组合成宿主病毒关联.

Museums & Collections

Citizen Science Projects

  • Garden Wildlife Health -这是英国伦敦动物学学会(ZSL),英国鸟类学信托基金会(BTO),蛙蛙和皇家鸟类保护协会(RSPB)之间的一项英国合作项目,该项目从1980年代开始一直运作(以前称为花园鸟类健康倡议和青蛙死亡率项目). 市民可以提交有关野鸟,两栖动物,爬行动物和刺猬的疾病和死亡率报告,以及动物野生动植物样本.
  • Project Monarch Health -自2006年以来运行的一项公民科学项目,旨在测试来自美国和加拿大的成年帝王蝶是否具有原生动物寄生虫“ Ophryocystis elektroscirrha_”. 参加者用胶带将从成人腹部收集的孢子样本提交实验室进行评估.

Reporting Systems

  • Healthmap -提供人类和动物传染病爆发警报的网络平台.
  • Program for Monitoring Emerging Diseases (ProMed) -对新出现和重新出现的疾病暴发的预警. 信息来源包括媒体报道,官方报道,在线摘要,当地观察员等. EIDR-Connect 将ProMed报告解析为疾病暴发事件,由疾病专家策划.
  • The Contagion Outbreak Monitor -过去两年中人类血源性或食源性疾病暴发的互动地图. 针对从业者和临床医生.
  • WHISPers -由USGS国家野生动物健康中心管理的野生动物健康信息共享合作伙伴事件报告系统. 据报道,涉及五个或更多人的北美野生动植物死亡率(死亡)和发病率(疾病)事件.
  • World Animal Health Information System (WAHIS) -世界动物卫生组织国家警报档案和某些病原体的定期报告. 他们也有一些不错的界面来显示疾病分布和时间表.

Taxonomy

  • GBIF Backbone Taxonomy -动物,细菌,原生动物和病毒的分类法的集合和同义词,可合成56个分类法来源.
  • ICTV -病毒分类学权威机构,拥有出色的档案和 open reports.
  • IUCN Redlist -提供野生宿主生物分类信息的在线数据库. 您可以使用R包rredlist和 API 直接访问数据.
  • NCBI Taxonomy -分类学数据库是公共序列数据库中所有生物的寄生虫和宿主的精选分类和术语.

Scientific Journals

License

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