真棒寄生虫

> 与寄生虫和宿主-病原体相互作用相关的惊人信息和开放访问数据库的精选列表.

寄生虫是一种独特的生物，由于其健康负担、多样性和复杂的生态学，在各种学科中都有研究.

令人敬畏的寄生虫是由 Anna Willoughby 并与 EcoHealth Alliance . 欢迎投稿，请阅读 contributing guidelines.

---

Databases

• Arbovirus Catalog (ARBOCAT) - CDC 整理的虫媒病毒信息，包括首次分离日期和野生动物宿主.
• Arctos - 博物馆标本的集体管理数据库. 具体合集见下. 数据包括地点和收集日期，任何注册账户均可下载.
• Benesh et al. 2017, Ecology - 包含 8,510 种寄生虫宿主物种关联的广泛数据库，具有复杂的生命周期（棘头虫、绦虫和线虫）. 包括生命史数据，例如寄生虫每个生命周期阶段的发育时间和体型.
• ENHanCEd Infectious Diseases Database (EID2) - 从 NCBI 序列和 PubMed 中提取生物关联的数据库. 查看数据库和简要分析 Wardeh et al. 2015.
• Global Biotic Interactions (GloBI) - 可以通过“寄生虫”、“病原体”或“宿主”进行搜索的物种相互作用存储库.
• Global Mammal Parasite Database 2.0 - 野生有蹄类动物（偶蹄类和奇蹄类）、食肉动物和灵长类动物的寄生虫数据库.
• MalAvi - 来自疟原虫属、血变形虫属和白细胞虫属的鸟类血液寄生虫数据库，包括选择的宿主和载体信息. 查看数据库描述 Bensch et al. 2009.
• NCEAS Interaction Web data - 整理来自多个加拿大沼泽地的鱼类宿主和寄生虫数据集，包括流行率和强度信息. 食物网和植物关系中物种相互作用的更大数据库的一部分.
• NHM Host-parasite database - 从伦敦自然历史博物馆维护的科学文献中提取的寄生虫数据库. HA Baylis 博士于 1922 年开始编纂，2003 年由 LNHM 工作人员策划. Wells et al. 2018 提供对该数据库的广泛分析，您可以通过 R 包访问数据 helminthR.
• Olival et al. 2017, Nature - 哺乳动物病毒数据库 analysis.
• PEARL - 大型寄生无脊椎动物的保护评估.
• PHI-base - 包含影响致病性的真菌、卵菌和细菌病原体特定基因信息的数据库. 专注于重要的农业和医学病原体.
• PREDICT - 来自 USAID PREDICT 项目 2008-2019 的实地数据，该项目是一项全球新兴病毒监测计划. 如果您有 healthmap 帐户，则可以下载此数据.
• Shaw et al. 2020 - 一个包含 12,212 个宿主-病原体关联的人工数据库：2,595 种细菌和病毒病原体感染了 90 个宿主目中的 2,656 种脊椎动物宿主. 它还包含宿主物种的线粒体基因组系统发育. Analysis 发表于分子生态学.
• Virus-Host DB - 从 NCBI/RefSeq 和 GenBank 中发布的基因组综合宿主病毒关联.
• Zover - 前一个蝙蝠的聚集体（DBatVir) 和鼠类病毒 (DRodVir ) 添加了蚊子和蜱传病毒的数据库. 数据库描述 here.

Museums & Collections

• Biological Collections of Oswaldo Cruz Institute in Rio de Janeiro, Brazil - 最大的科学机构 helminth collection 在拉丁美洲有近 40,000 个标本. 该研究所还收藏了其他几个开放获取目录 protozoa 和 medically important vector species.
• Denver Museum of Nature and Science - 哺乳动物体外和体内寄生虫的收集主要集中在美国的落基山脉和大平原地区. 可通过 Arctos.
• Harold W. Manter Laboratory of Parasitology Collection - 标本收集的重点是“新北区和新热带地区哺乳动物的蠕虫寄生虫，强调啮齿类、有袋类、Xenarthra 和翼手目寄生虫的系统发育和多样性研究.” 的存档站点 American Society of Parasitologists . 可通过 Arctos.
• Invertebrates Collection of the Swedish Museum of Natural History - 瑞典博物馆，收藏有超过 10,000 条扁虫、超过 2,000 条线虫和精选的其他寄生虫群. 可通过 GBIF.
• Meguro Parasite Museum - 日本东京的博物馆专注于人类寄生虫，拥有超过 60,000 个标本. 数据没有数字化，尽管博物馆的创始人 S. Yamaguti 博士在 10 卷 Systema Helminthum . 收藏品主要来自日本、印度尼西亚和夏威夷.
• Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN - Paris) - 蠕虫收集超过 30,000 种蠕虫，特别关注热带地区. 可通过 GBIF.
• Museum of Southwestern Biology, Division of Parasites - 两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的寄生虫标本采集. 特别关注高海拔地区和新墨西哥州塞维利亚长期生态研究站的小型哺乳动物寄生虫，以及北极和南极洲海鸟的寄生虫. 可通过 Arctos.
• Ohio State University Acarology Collection - 从 1864 年开始，全球有近 70,000 份螨虫标本.信息包括寄主物种、采集 gps 点、采集位置（例如耳朵）和采集方法. 也可以通过访问 GBIF.
• South Australian Museum’s Australian Helminthological Collection - 主要来自澳大利亚脊椎动物的近 50,000 个蠕虫标本的可下载 excel 文档. 大多数标本是来自哺乳动物、鸟类或板鳃亚纲的扁形动物、棘头动物或线虫. 一些标本包含在 LNHM database 并可通过 helminthR.
• The International Outbreak Museum - 博物馆专注于人类食源性疾病爆发，每 exhibit 是不同的历史爆发. 部分 The Northwest Center for Foodborne Outbreak Management, Epidemiology, and Surveillance.
• U.S. National Parasite Collection - 由 USDA 维护的标本集合，重点关注来自北美的重要农业蠕虫和原生动物. 可通过 Arctos.

Citizen Science Projects

• Garden Wildlife Health - 这是伦敦动物学会 (ZSL)、英国鸟类学信托基金 (BTO)、Froglife 和皇家鸟类保护协会 (RSPB) 之间的英国合作项目，历史上自 1980 年代以来一直在运行（以前作为花园鸟类健康倡议和青蛙死亡率项目）. 市民可以提交疾病和死亡率报告，以及野生动物样本，包括野生鸟类、两栖动物、爬行动物和刺猬.
• Project Monarch Health - 自 2006 年开始运行的公民科学项目，用于测试来自美国和加拿大的成年帝王蝶是否存在原生动物寄生虫 Ophryocystis elektroscirrha. 参与者用胶带提交从成人腹部收集的孢子样本，供佐治亚大学进行实验室评估.

Reporting Systems

• EMPRES-i+ Global Animal Disease Information System - 一个由粮农组织维护的网络平台，提供狂犬病、口蹄疫或 MERS 冠状病毒等动物疾病的地理定位数据. 这是一项跟踪服务，国家和兽医可以选择加入报告.
• Healthmap - 一个为人类和动物提供传染病爆发警报的网络平台.
• NORS - 一个为美国提供人类食源性、水源性和其他肠道传染病爆发的网络平台. 从 1971 年开始提供.
• Program for Monitoring Emerging Diseases (ProMed) - 新发和再发疾病爆发的早期预警. 信息来源包括媒体报道、官方报告、在线摘要、当地观察员等. EIDR-Connect 将 ProMed 报告解析为由疾病专家策划的疾病爆发事件.
• The Contagion Outbreak Monitor - 过去两年人类血源性或食源性疫情的交互式地图. 针对从业者和临床医生.
• WHISPers - 由 USGS 国家野生动物健康中心管理的野生动物健康信息共享伙伴关系事件报告系统. 报告了涉及五个或更多个体的北美野生动物死亡（死亡）和发病（疾病）事件.
• World Animal Health Information System (WAHIS) - OIE 存档的国家警报和某些病原体的定期报告. 他们还有一些不错的界面来显示疾病分布和时间线.

Taxonomy

• GBIF Backbone Taxonomy - 动物、细菌、原生动物和病毒的分类学聚合和同义词，综合了 56 个分类源.
• ICTV - 具有优秀档案的病毒分类学权威和 open reports.
• IUCN Redlist - 提供野生宿主分类信息的在线数据库. 您可以使用 R 包 rredlist 和 API to access the data directly.
• Mammal Diversity Database - 由美国哺乳动物学会维护的哺乳动物分类学权威. 版本在 Zenodo 上更新和记录. 完整说明 Burgin et al. (2018).
• NCBI Taxonomy - 分类数据库是公共序列数据库中所有生物（包括寄生虫和宿主）的精选分类和命名法.

Scientific Journals

• American Journal of Tropical Medicine and Hygiene - AJTMH 发表了范围广泛的论文，涵盖热带医学主题. 在 12 个月的禁运之后，他们的档案是开放访问的.
• Annals of Parasitology - 波兰寄生虫学会的开放获取科学期刊，前身为 Wiadomości Parazytologiczne，每季度出版一期. 开放档案从2002年开始.
• EFSA Journal - 欧洲食品安全局的开放获取期刊，每年报告食源性疾病爆发、人畜共患病和抗生素耐药性在人类和动物中出现的情况.
• Emerging Infectious Diseases - CDC 开放获取期刊.
• Journal of the Egyptian Society of Parasitology - 埃及寄生虫学会的开放获取（2013 年至今）科学期刊. 自 1970 年代以来出版，他们的档案自 1972 年以来就在 Pub-Med 中编入索引（Index Medicus ISSN：0253-5890）.
• Journal of Wildlife Diseases - JWD 提供了许多关于新寄生虫扩展或发现的开放获取文章.
• Mitteilungen der Österreichischen Gesellschaft für Tropenmedizin und Parasitologie - 奥地利热带医学和寄生虫学会科学期刊的 23 卷开放获取卷 (1971-2001).
• Parasite - 与法国寄生虫学会相关的开放获取期刊. 专注于动物和人类寄生虫.
• Parasitologia Hungarica - 匈牙利自然历史博物馆主办的科学期刊 Parasitologia Hungarica 的 31 卷开放获取卷（1960-1998）.

License

本作品根据Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License获得许可.