研究工具

Awesome Research Tools

Awesome

研究工具清单. 也可以在http://tools.kausalflow.com/tools/上获得.

TOC

Be-Organized

Version Control System

>首先，每个人都应该了解版本控制系统，也就是VCS. VCS帮助我们跟踪文档中的更改以及文档上的协作. 毋庸置疑，版本控制是科学家最有用的工具之一.

  • 走
  • SVN *汞

Online Git Service

  • GitHub：内置社交和协作的git最受欢迎的平台.
  • GitHub还提供了GitHub Actions. 使用动作，可以使流程自动化.
  • GitHub提供了GitHub Pages. 使用GitHub Pages，可以托管静态文件以及 Jekyll 建网站.
  • GitLab ：类似于GitHub，GitLab提供git托管，协作，社交，自动化等功能. 使用其开源代码，GitLab既可以基于云，也可以自我托管.
  • GitLab包含无限的免费私人存储库.
  • GitLab附带了一个持续集成工具，它比GitHub Actions更强大.
  • BitBucket：使用免费的私有存储库替代GitHub和GitLab.

Self-hosted Git Server

Enterprise Git Service

  • RhodeCode ：集中控制分布式存储库. 单一屋顶下的Mercurial，Git和Subversion.

Pomodoro

Pomodoro Technique 可用于提高生产力，并可能改善健康状况. 这些工具几乎有无限的选择.

  • Pomotodo （“云”，“ Mac”，“ Win”，“ Android”，“ iOS”，“ Chrome”）：待办事项列表和番茄定时器的混合，跨设备同步和每周报告[免费].
  • Tadam （Mac）：简洁典雅的番茄钟[USD $ 4.99].
  • Productivity Challenge Timer （Android）：具有出色游戏功能的Pomodoro计时器[免费].

GTD-Task Manager

> GTD（完成工作）方法通过使用外部工具记录待办事项列表，从而将其卸载. 它使人们可以专注于一项活动任务，而不是全部任务（Wikipedia). >可以按上下文（@ home，@ computer，@ office等），行动时间（现在，下一次行动，计划或某天）和项目对任务进行分类. Here 我们为GTD提供了一个很好的实用指南， here 是流程图.

  • Microsoft To Do （“云”，“ Mac”，“ Win”，“ Android”，“ iOS”，“ Win Store”，“ Chrome OS”）：与合作和共享几乎完美的待办事项清单.
  • Google Keep（“云”，“ Android”，“ iOS”，“ Chrome OS”）
  • Evernote （Cloud，Mac，Win，Android，iOS，Win Store）：虽然不是很轻巧，但是对于管理生活仍然非常有用，特别是因为它已经从很多方面集成了其他服务.
  • Anydo （Cloud，Mac，Android，iOS）：很好，因为它具有非常好的每日评论，可以帮助用户记住要做的事情.
  • Todoist （Cloud，Mac，Win，Android，iOS）：Todoist发明了因果报应系统，可以跟踪完成的任务.
  • Taskade （“云”，“ Mac”，“ Win”，“ Chrome OS”，“ Firefox”，“ Android”和“ iOS”）：Taskade是团队项目的协作任务列表和大纲.
  • Agenda（Mac）：以日期为中心的笔记.

Cloud Services

有关自助服务，请查看 awesome-selfhosted 在GitHub上.

Math and Programming Online

>有许多工具允许使用代码，在线执行数值计算或分析推导.

  • Google Colab ：免费在线jupyter笔记本. Google Colab还提供免费的GPU小时. 自由而强大. 在同一笔记本上共享和协作. *可以保存在GitHub或Google Drive中.
  • NextJournal：用于可重复研究的笔记本. 基本上，NextJournal几乎可以运行任何东西. 专注于可重复性.
  • Kaggle：kaggle具有内置的免费jupyter笔记本. *还可以连接到Google BigQuery来访问大数据.
  • Azure Notebooks：在线Jupyter笔记本.
  • Datalore：由JetBrains开发的在线Jupyter笔记本.
  • CoCalc (SageMathCloud)：LaTeX，R，iPython Notebook等.
  • SageMaker ：集成了许多工具的AWS服务. Sagemaker附带了Sagemake Studio，该工作室为程序员和其他制图和数据管理工具提供了jupyter笔记本.
  • WolframAlpha：出色的引擎，可以在线进行数学推导和搜索.
  • Mathematica Online：将Mathematica带入云端.

Plotting and Charting Online

>虽然可以使用上面提到的这些在线Jupyter笔记本进行绘图，但也有许多易于使用的绘图方式.

  • plot.ly：集成了许多云服务的在线绘图.
  • Desmos：功能图.
  • GeoGebra ：很老，但仍然很好. GeoGebra可用于精确制图和计算.
  • graph.tk：具有丰富功能的在线绘图.
  • Wolfram Alpha：根据您的数据甚至更多功能来绘制函数图.

Datasets

> Nature托管推荐数据存储库的列表 here.

General and Interdisciplinary

  • DRYAD （Storage，Lookup）：Dryad Digital Repository存储策划的数据.
  • Figshare （Storage，Lookup）：数据共享和存储
  • Data.gov （“查找”）：美国联邦政府的数据

Life Science

Physical Sciences

Arts and Humanities

Engineering

Social Sciences

Colors

>为演示文稿和笔记选择令人愉悦的颜色.

Publishing and Sharing

>利用 GitHub 与他人合作. GitHub pages 也适合托管静态内容. > GitHub提供了教育津贴，因此学生可以获得免费的专业版，其中包含私人仓库.

Writing

Markdown是最好的书写语言之一. Markdown section.

利用这些程序进行发布：

  • Sphinx：RestructuredText作为源文件，功能强大，灵活且模块化.
  • Gitbook ：在线，本地编辑都可以使用的，针对HTML，pdf和epub的新型但有前途的工具. 测验和数学之类的插件对编写科学很有帮助.
  • Git-scribe：非常适合写电子书.
  • Static Site Generator：有关更多信息，请参阅 Static Site Generator.

Sphinx主题和配置

使用Sphinx的科学书籍

>以下是一些狮身人面像如何用于研究的示例.

书写工具

>只需使用 Visual Studio Code.

  • Hemingway App：突出显示复杂的句子，指出被动语态，并建议其他单词.
  • proselint：使用 Garner's Modern American Usage 等提供的建议为英语散文做准备.
  • write good：适用于英语散文的朴素JavaScript小子.
  • artbollocks-mode：Emacs次要模式，用于在撰写艺术（或其他主题）时避免陈词滥调和语法错误.
  • cut_the_crap.py：简单的Python脚本来标记多余的单词并提供替代建议.
  • Rousseau：使用JavaScript编写的轻量级校对员.
  • textlint-rule-rousseau：一种使用Rousseau检查英语句子的textlint规则.
  • De-Jargonizer：粘贴您的文章或上传文件以分析您的文字中的行话数量.

Hosting

>托管您的文章，笔记和更多内容. 研究也涉及通信.

  • ReadtheDocs：将reStructuredText源转换为HTML，PDF和epub，所有这些操作均在线完成.
  • GitHub pages ：与Jekyll集成并自动关闭降价信息. Jekyll是写博客的工具.
  • GitHub: Just put markdown, reStructuredText, PDF or IPython/Jupyter notebook files on GitHub. All these formats can be previewed online. The thing to mention is that the math in IPython notebook can be rendered on GitHub.
  • Aerobatic：是GitHub Pages的强大替代方案.
  • Surge ：一个命令上传您的静态网站以使其正常运行. Surge还集成了GitHub挂钩.
  • Heroku: The one that needs no explanation.
  • AWS：Amazon AWS提供学生津贴.

>其他服务，例如 Digital Ocean 在动态网站和云计算方面也很有用.

Blog and CMS

>在平台上进行调查之前，只需提醒自己：

> 我想写，而不是运行博客软件.

博客/ CMS软件

>这些程序正在服务器上运行，并且可以 hosted using these services.

  • Ghost （Node.js）：开放，简单，非盈利； 用降价促销和实时预览.
  • Pico （PHP）：轻量级cms，开源，无数据库.
  • Dropplets （PHP）：开源，简单而优雅的博客系统； 用Markdown写.
  • Wordpress （PHP）：非常流行，但需要大量维护.

这些Blog / CMS软件可以托管在 Digital Ocean.

Static Site Generator

Here is a nice website 告诉您所有静态网站生成器. 尽管如此，这里还是最受欢迎的清单.

  • Jekyll （写在Ruby中）（Markdown）：Jekyll是使用最广泛的一种. 关于Jekyll最好的部分是，只需将源推送到GitHub，即可将其部署到GitHub Pages.
  • Octopress （写在“ Ruby”中）（“ Markdown”）：与Jekyll相比，Octopress更易于使用，同时与Jekyll兼容.
  • Hexo （写在Node.js）（Markdown）中：“一个快速，简单且功能强大的博客框架”，正如他们在其网站上所说. 它支持GFM.
  • Pelican （写在Python中）（reStructuredText，Markdown，AsciiDoc）：Pelican是一个模块化的框架，非常适合写博客.
  • Pelican Svbtle Theme
  • Nikola （用Python编写）（reStructuredText，Markdown，IPython Notebook / Jupyter，PHP等）：它采用多种输入格式，包括reStructuredText和许多其他格式.
  • Hugo （写在“ Go”中）（Markdown）：易于使用且非常快. 它还通过插件支持更多输入格式.

>这些程序生成的网站可以托管在 GitHub Pages.

Note Taking

Notebooks for Researchers

  • Findings：您的研究助手和实验室笔记本，都在一个应用程序中.

Editors

> Markdown，LaTeX和reStructuredText是三种有用的语言. > 在大多数情况下，可调整的文本编辑器例如 Visual Studio Code, aka vscode 足够好.实际上，vscode带有大量扩展，可用于构建自己的IDE.

Markdown

  • Hackmd.io （Cloud）：基本上提供了最完善的在线Markdown编辑器所期望的一切.
  • StackEdit（Cloud）：StackEdit是Markdown编辑器，具有许多集成服务，例如数学（MathJax），Google Drive，Dropbox和GitHub.
  • CMD markdown （Cloud）：CMD是具有数学（MathJax）支持的Markdown编辑器. 特殊之处在于它保留编辑历史记录. （中文界面.）
  • Penflip （Cloud）：Penflip被设计为作家的GitHub. 它是基于Markdown的，并且像git一样没有数学支持.
  • Authorea（Cloud）：功能更强大的Markdown和LaTeX在线编辑器，可用于撰写精美的学术论文.
  • Dillinger（Cloud）：Markdown编辑器，但没有数学模式.
  • Online Kramdown Editor（Cloud）：只是另一个Markdown编辑器，没有数学支持.
  • Pandoc Markdown（Cloud）：只是另一个具有数学（MathJax）支持的Markdown编辑器.
  • Marxico（“云”，“ Mac”，“ Win”，“ Chrome”）：与Evernote集成在一起的Markdown编辑器，可生成pdf并离线运行. 马克飞象（Cloud，Mac，Win，Chrome）是中文版本.
  • Madoko （Cloud，Chrome）：具有数学支持的Markdown编辑器，单击即可轻松插入图像，而文件则保存在Dropbox，GitHub，OneDrive或本地磁盘上. 它生成pdf和HTML页面，并使用浏览器的本地存储脱机工作. 甚至可以导入LaTeX文件.
  • Markx （Cloud）：Markdown编辑器，用于科学写作. 包括电池.
  • typora（Mac，Win）：精美的用户界面和现场实时预览.
  • Haroopad （Mac，Win，Linux）：一个功能强大的github风格的markdown编辑器，具有有用的扩展名. 支持数学（mathjax）.
  • jbt/markdown-editor（Cloud）：只是另一个没有数学支持的在线Markdown编辑器.
  • Mou （Mac）：Mou曾经是Mac上最好的Markdown编辑器. 不错，但不要预购Mou 1.0. 这个项目已经死了，非正式地. 了解为什么死掉，请阅读此文。
  • MarkdownPad （Win）：如果您对.NET没有不好的感觉，那就太好了.
  • ReText （Mac，Win，Linux）：即使在Linux上，也可以重新编写最好的文本之一. 它还支持reStructuredText输入.
  • Madoko （Cloud）： LaTeX ×Markdown²
  • eme （Win，Mac，Linux）：数学支持.
  • Moeditor （“ Win”，“ Mac”，“ Linux”）：通用降价编辑器.

您可以在Markdown中编写的笔记本软件：

  • boostnote （Win，Mac，Linux）：Math + Markdown，带有摘要注释支持.
  • Quiver （Mac，iOS）：程序员的笔记本，数学+ Markdown，代码段.
  • Findings （Mac）：实验者的笔记本，有组织的研究材料和笔记.
  • Notion （“ Win”，“ Mac”，“ iOS”和“ Android”）：使用看板，数学，日历，表格等记录笔记.
  • Agenda （Mac，iOS）：Notes和GTD.

LaTeX

  • ShareLaTeX （Cloud）：Dropbox和GitHub集成，预览，合作，简单的UI. 它还提供了很多模板.
  • Overleaf（Cloud）：内置版本控制.
  • Authorea （Cloud）：易于使用的UI. 同时支持Markdown和LaTeX.
  • Papeeria（Cloud）：这是另一个带有情节编译器和协作功能的在线LaTeX和Markdown.
  • JaxEdit（Cloud）：JaxEdit不提供完整的LaTeX支持，但足以用于简单的LaTeX文档和幻灯片.

您也可以使用自己的计算机托管一个.

  • FlyLaTeX：sharelatex的免费开源版本
  • ShareLaTeX Source Code ：ShareLaTeX开放源代码. 我会说这是一个重大举措.
  • TeXStudio -源自TeXMaker的跨平台LaTeX编辑器.
  • WinEdt -许多人发誓的LaTeX编辑器.
  • TeXnicCenter -LaTeX的老字号，但又免费又不错.
  • LyX -跨平台的WYSIWYM编辑器，该编辑器在后台使用LaTeX渲染文档.
  • TeXshop -MacTeX中包含的LaTeX文档的精简编辑器.
  • TeXWorks -以TeXShop为蓝本的LaTeX代码编辑器，但它是跨平台的.

IPython Notebook

使用IPython Notebook帮助您进行研究. IPython Notebook可以直接在GitHub上预览. 以下是一些有关如何使用IPython Notebook的示例.

Mindmap

Standalone

*心灵经理 * XMind * 教

Online

MINDMAP HTML

Concept Map and Diagrams

  1. Gliffy：各种图表
  2. ProcessOn：各种图表
  3. Draw.io：各种图表

Keep The Notes

>始终跟踪笔记的变化总会更好，而gitgit是一个不错的选择. 因此， GitHub 是几乎完美的地方.

>至于LaTeX， latexdiff 是用于检查差异的工具.

> 某些程序允许您将降价注释保留在服务器上.

  • Raneto ：Raneto是一个开源知识库平台，使用静态Markdown文件为您的知识库提供支持. 这个看起来不错.
  • Realms ：受Gollum，Ghost和Dillinger启发，以Python编写的基于Git的Wiki. 包括基本身份验证和注册.
  • Tiddlywiki：用于捕获，组织和共享复杂信息的独特的非线性笔记本.
  • 其他 static site generators.

为了进行实验研究，eLabFTW制作了一个在线Labnote系统： eLabFTW.

Presentation Tools

Keep You Computer Awake

>在演示过程中保持计算机苏醒很重要. 无需更改电源选项，以下工具也可以完成此工作.

  • Caffeine （Mac）：只需单击即可.
  • Amphetamine （Mac）：涉及更多配置，并且更加智能.

Online Load and Edit

Use The Source

>需要一些前端技术.

HTML+CSS+JS

>使用 colors 使您的HTML感觉更好.

IPython/Jupyter Notebook

> Python，Julia，R，Scala和其他语言受支持 IPython/Jupyter Notebook 也可以用来做演示.

>参考 math and programming online 适用于基于云的Jupyter笔记本.

LaTeX Beamer

Mathematica

The Power of SVG

在线SVG编辑器：

本地SVG编辑器：

Sharing Slides

  • GitHub pages：适用于基于HTML的幻灯片.
  • Speaker Deck 由GitHub提供：PDF幻灯片. 可以在线显示或嵌入.

Programming

Code Editors

  • Visual Studio Code, aka VS Code（Free，Cross-platform，Plugins）：与atom相同的技术，但比atom更快，微软制造了.
  • Atom （Free，Cross-platform，Plugins）：基于电子的编辑器，具有众多插件和易于修改的功能. 跨平台的设置和插件通过 sync-settings 插入.
  • Sublime Text （“免费评估”，“跨平台”，“插件”）：跨平台，快速且具有插件. 不是免费的，但是可以永远自由使用.
  • JetBrains（“学生免费”，“跨平台”，“插件”）：漂亮的IDE，集成了许多调试和编辑模式.
  • vim（Free，Cross-platform，Plugins）：没有任何语言可以描述全能的vim.
  • Vundle：vim插件管理器
  • vimrc from amix：“ Vim的最终配置：vimrc”

Softwares

Scientific Computing

Coding is Fun

Academic

Self-plagiarism

>这可能不是那么简单，但请记住这一点. 重用自己的作品并不能保护您免受窃！ 阅读更多

Investigate Papers

  • Paperscape：寻找有趣的论文.
  • Peerus：监视特定主题或期刊以查找新的和相关的论文.
  • SciRate：arXiv的前端，具有读者的评价.
  • ArXiv Sanity Preserver：通过arXiv加快针对Andrej Karpathy机器学习的许多事物的研究.
  • Iris.ai：探索科学论文以及它们如何与您选择的论文联系起来.
  • Publish or Perish：检索和分析旨在提高个人学术能力的学术引用，以使他们的案例对研究产生最大影响.
  • PubChase：生命科学和医学文献推荐引擎.

Get Yourself A Citable Code for Anything

  • Zenodo：通过在此处获取DOI代码，使GitHub上的任何内容可引用.

Get Yourself A Unique and Persistent Digital Identifier

  • orcid：在任何研究工作流程中使用您的ORCID标识符，以确保您的工作获得认可.

Add Citations to Your Code

  • duecredit：允许您将装饰器添加到对书目详细信息进行编码的Python函数中.

Open Science

Bibliography

  • ReadCube/Papers ：一个全平台的应用程序，可用于管理参考，记笔记等. 以前的论文已改写为ReadCube论文.
  • Mendeley：具有云存储和BibTeX支持的书目参考管理器.
  • Zotero：具有同步和BibTeX支持的开源书目参考管理器.
  • Zotero Style Repository：找到您需要的任何样式.
  • JabRef：BibTeX格式的开源书目参考管理器.
  • doi2bib：从DOI检索BibTeX条目.
  • crossref：使研究结果易于查找，引用，链接和评估.
  • org-ref：Emacs中组织模式的引用，交叉引用，索引，词汇表和bibtex实用程序.

Tips for Researchers

Pacifier

Rainy Mood, Coffitivity 和 Noisli 是推荐的.

  • Rainy Mood （“ iOS”，“ Android”，“ Web”）：下雨天下雨的心情，简单但有出色的白噪声； 每天都有新的美丽配乐
  • Coffitivity （iOS，Android，Web，Mac）：一个相当简单但有用的咖啡店噪音库； premium有3条以上的配乐； 优雅的用户界面； 科研动力
  • Brain.fm （Web）：通过音频脑电波训练改善注意力，放松和睡眠. 不是免费的，但值得每一分钱.
  • Noizio（iOS，Mac）：方便的白噪声工具，位于Mac状态栏中.
  • Noisli （“ iOS”，“ Android”，“ Web”，“ Chrome”）：自由混合多个音轨（类似于Soundrown，但UI更好）. 用户可以保存自定义设置供以后使用. 我个人认为，这种声音的音轨比声音声的音轨好.
  • Soundrown（Web）：自由混合多首曲目
  • Muji Sleep（iOS，Android）
  • A Soft Murmur(Web): free mixing of multiple tracks; simple UI; Timer provided; Meander available
  • mynoise （iOS，Web）：噪声发生器； 选择很多（实际上太多）； 详细均衡器
  • Rainy Cafe（Web）：不多说只是多雨的心情和联想
  • Sleep Pillow （iOS，Mac）：单击并播放样式预加载的场景； 使用方便; 漂亮的设计
  • A youtube audio track of coffee shop (really long)
  • A youtube audio track of 10 hours rain fall
  • TaoMix （Android）：混音集中
  • Calm（iOS，Android，Web）：帮助您冷静下来
  • Raining（iOS，Android，Web）：下着雨，打雷
  • focus@will （“ iOS”，“ Android”，“ Web”）：音乐可以增强您的大脑； 现在付费服务

一些其他相关的东西

Online Discussions

Forums and Q&A's

> StackExchange.com是进行专业讨论的好地方. 这是一个例子.

Open Source

>开源很棒. 使用git.

Open Licenses

>通常，开放许可是

Use Licenses

>选择许可证，一种简单的方法是使用

  • Choose a License 这可以帮助您通过几个步骤来决定要使用哪个许可证.

> CC许可证可在以下位置找到 Creative Commons . 有关其他徽章或图标，请检查以下内容.

  • Guokr Badge ：绿色CC许可徽章. （文件为中文.）

Data Visualization and Graph Making

Data Visualization

JS和jQuery

Python

Graph Making

>专业图形应使用专业工具制作.

  • GeoGebra（“云”，“ Mac”，“ Win”，“ Linux”，“ Android”，“ iOS”，“ Win Store”）：Geogebra是制作2D和3D数学图形的非常酷的工具.
  • LaTeXDraw（Linux）：“ LaTeX的矢量绘图编辑器.”
  • TikZ(LaTeX)
  • BoxPlotR(Web): A web-tool for generation of box plots.
  • Graphviz（Linux，Win，Max，Solaris，FreeBSD）：开源图形可视化软件.

>为您的研究图选择百分准确的颜色. 为什么？ （1, 2)

LaTeX

>比Microsoft Word好得多.

Tips

Symbols

  • Detexify：通过在线绘画找出符号是什么

Graphing

Fonts

Templates

References

数学排版

  • Math into Type ：这是一本与数学有关的排版的好书. 这是版权材料. 请不要重新分发.

MISC

Terminal

Free Multimedia

More

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