研究工具

Awesome Research Tools

Awesome

研究工具清单.

TOC

Be-Organized

Version Control System

>首先,每个人都应该知道版本控制系统,也就是VCS. VCS帮助我们跟踪文档中的更改以及文档上的协作. 毋庸置疑,版本控制是科学家最有用的工具之一.

  • SVN *汞

Online Git Service

  • GitHub:内置社交和协作的git最受欢迎的平台.
  • GitHub还提供了GitHub Actions. 使用动作,可以使流程自动化.
  • GitHub提供了GitHub Pages. 使用GitHub Pages,可以托管静态文件以及 Jekyll 建网站.
  • GitLab :与GitHub类似,gitlab提供git托管,协作,社交,自动化等功能. 使用它的开源代码,GitLab既可以基于云,也可以自我托管.
  • GitLab包含无限的免费私人存储库.
  • GitLab附带了一个持续集成工具,它比GitHub Actions更强大.
  • BitBucket:使用免费的私有存储库替代GitHub和GitLab.

Self-hosted Git Server

Enterprise Git Service

  • RhodeCode :集中控制分布式存储库. 单一屋顶下的Mercurial,Git和Subversion.

Pomodoro

Pomodoro Technique 可以用来提高您的生产力并可能改善您的健康. 这些工具几乎有无限的选择.

  • Pomotodo (“云”,“ Mac”,“ Win”,“ Android”,“ iOS”,“ Chrome”):待办事项列表和番茄钟计时器的混合,跨设备同步和每周报告[免费].
  • TadamMac):简洁典雅的番茄钟[USD $ 4.99].
  • Productivity Challenge TimerAndroid):具有出色游戏功能的Pomodoro计时器[免费].

GTD-Task Manager

> GTD(完成工作)方法通过使用外部工具记录待办事项清单,从而将其卸载. 它使人们可以专注于一项活动任务,而不是全部任务(Wikipedia). >可以按上下文(@ home,@ computer,@ office等),行动时间(现在,下一次行动,计划或某天)和项目对任务进行分类. Here 我们有一个很好的GTD实用指南 here 是流程图.

  • Microsoft To Do (“云”,“ Mac”,“ Win”,“ Android”,“ iOS”,“ Win Store”,“ Chrome OS”):与合作和共享几乎完美的待办事项列表.
  • Google Keep(“云”,“ Android”,“ iOS”,“ Chrome OS”)
  • EvernoteCloudMacWinAndroidiOSWin Store):虽然不是那么轻巧,但是对于管理生活仍然非常有用,特别是因为它已经从很多方面进行了很多集成其他服务.
  • AnydoCloudMacAndroidiOS):很好,因为它具有非常好的每日评论,可以帮助用户记住要做的事情.
  • TodoistCloudMacWinAndroidiOS):Todoist发明了因果报应系统,可以跟踪完成的任务.
  • Taskade (“云”,“ Mac”,“ Win”,“ Chrome OS”,“ Firefox”,“ Android”和“ iOS”):Taskade是团队项目的协作任务列表和大纲.
  • AgendaMac):以日期为中心的笔记.

Cloud Services

有关自助服务,请查看 awesome-selfhosted 在GitHub上.

Math and Programming Online

>有许多工具可用于在线编码,执行数值计算或分析推导.

  • Google Colab :免费在线jupyter笔记本. Google Colab还提供免费的GPU小时. 自由和强大. 在同一笔记本上共享和协作. *可以保存在GitHub或Google Drive中.
  • NextJournal:用于可重复研究的笔记本. 基本上,NextJournal几乎可以运行任何东西. 专注于生殖.
  • Kaggle:kaggle具有内置的免费jupyter笔记本. *还可以连接到Google BigQuery来访问大数据.
  • Azure Notebooks:在线Jupyter笔记本.
  • Datalore:由JetBrains开发的在线Jupyter笔记本.
  • CoCalc (SageMathCloud):LaTeX,R,iPython Notebook等.
  • SageMaker :集成了许多工具的AWS服务. Sagemaker附带了Sagemake Studio,该Studio为程序员和其他图表和数据管理工具提供了jupyter笔记本.
  • WolframAlpha:出色的引擎,可以在线进行数学推导和搜索.
  • Mathematica Online:将Mathematica带入云端.

Ploting and Charting Online

>虽然可以使用上面提到的这些在线Jupyter笔记本进行绘图,但也有许多易于使用的绘图方式.

  • plot.ly:集成了许多云服务的在线绘图.
  • Desmos:功能图.
  • GeoGebra :很老,但仍然很好. GeoGebra可用于精确制图和计算.
  • graph.tk:具有丰富功能的在线绘图.
  • Wolfram Alpha:根据您的数据甚至更多功能绘制函数图.

Datasets

> Nature托管推荐数据存储库的列表 here.

General and Interdisciplinary

  • DRYADStorageLookup):Dryad Digital Repository存储策划的数据.
  • FigshareStorageLookup):数据共享和存储
  • Data.gov (“查找”):美国联邦政府的数据

Life Science

Physical Sciences

Arts and Humanities

Engineering

Social Sciences

Colors

>为演示文稿和笔记选择令人愉悦的颜色.

Publishing and Sharing

>利用 GitHub 与他人合作. GitHub pages 也适合托管静态内容. > GitHub提供了教育津贴,因此学生可以获得免费的专业版,其中包含私人存储库.

Writing

Markdown是最好的书写语言之一. Markdown section.

利用这些程序进行发布:

  • Sphinx:RestructuredText作为源文件,功能强大,灵活且模块化.
  • Gitbook :在线,本地编辑都可以使用的,针对HTML,pdf和epub的新工具,但前景看好. 测验和数学之类的插件对撰写科学很有帮助.
  • Git-scribe:非常适合写电子书.
  • Static Site Generator:有关更多信息,请参阅 Static Site Generator.

Sphinx主题和配置

使用Sphinx的科学书籍

>以下是一些狮身人面像如何用于研究的示例.

书写工具

>只需使用 Visual Studio Code.

  • Hemingway App:突出显示复杂的句子,指出被动语态,并建议其他单词.
  • proselint:使用 Garner's Modern American Usage 等提供的建议,为英语散文做准备.
  • write good:适用于英语散文的朴素JavaScript小子.
  • artbollocks-mode:Emacs次要模式,用于在撰写艺术(或其他主题)时避免陈词滥调和语法错误.
  • cut_the_crap.py:简单的Python脚本来标记多余的单词并提供替代建议.
  • Rousseau:使用JavaScript编写的轻量级校对员.
  • textlint-rule-rousseau:一条textlint规则,用于使用卢梭检查英语句子.
  • De-Jargonizer:粘贴您的文章或上传文件以分析您的文章中的行话数量.

Hosting

>托管您的文章,笔记等. 研究也涉及通信.

  • ReadtheDocs:将您的reStructuredText源转换为HTML,PDF和epub,都可以在线完成.
  • GitHub pages :与Jekyll集成并自动关闭降价信息. Jekyll是写博客的工具.
  • GitHub :只需将markdown,reStructuredText,PDF或IPython / Jupyter笔记本文件放在GitHub上即可. 所有这些格式都可以在线预览. 要提到的是,IPython Notebook中的数学可以在GitHub上呈现.
  • Aerobatic:GitHub Pages的强大替代品.
  • Surge :一个命令上传您的静态网站以使其正常运行. Surge还集成了GitHub挂钩.
  • Heroku:不需要解释的那个.
  • AWS:Amazon AWS提供学生津贴.

>其他服务,例如 Digital Ocean 在动态网站和云计算方面也很有用.

Blog and CMS

Before doing the investigation on platforms, just remind yourself:

> 我想写,而不是运行博客软件.

博客/ CMS软件

>这些程序正在服务器上运行,并且可以 hosted using these services.

  • GhostNode.js):开放,简单,非盈利; 用降价促销和实时预览.
  • PicoPHP):轻量级cms,开源,无数据库.
  • DroppletsPHP):开源,简单而优雅的博客系统; 用Markdown写.
  • WordpressPHP):非常流行,但需要大量维护.

这些Blog / CMS软件可以托管在 Digital Ocean.

Static Site Generator

Here is a nice website 告诉您所有静态网站生成器. 尽管如此,这里还是最受欢迎的清单.

  • Jekyll (写在Ruby中)(Markdown):Jekyll是使用最广泛的一种. 关于Jekyll最好的部分是,只需将源推送到GitHub即可将其部署到GitHub Pages.
  • Octopress (写在“ Ruby”中)(“ Markdown”):与Jekyll相比,Octopress更易于使用,同时与Jekyll兼容.
  • Hexo (写在Node.js)(Markdown)中:“一个快速,简单且功能强大的博客框架”,正如他们在其网站上所说. 它支持GFM.
  • Pelican (写在Python中)(reStructuredText,Markdown,AsciiDoc):Pelican是一个模块化框架,非常适合写博客.
  • Pelican Svbtle Theme
  • Nikola (用Python写)(reStructuredText,'Markdown','IPython Notebook / Jupyter,PHP'等):它采用多种输入格式,包括reStructuredText和许多其他格式.
  • Hugo (写在“ Go”中)(Markdown):易于使用且非常快. 它还通过插件支持更多输入格式.

>这些程序生成的网站可以托管在 GitHub Pages.

Note Taking

Notebooks for Researchers

  • Findings:您的研究助手和实验室笔记本,都在一个应用程序中.

Editors

> Markdown,LaTeX和reStructuredText是三种有用的语言. > 在大多数情况下,可调整的文本编辑器例如 Visual Studio Code, aka vscode 足够好.实际上,vscode带有大量扩展,可用于构建自己的IDE.

Markdown

  • Hackmd.ioCloud):基本上随附最完整的在线Markdown编辑器提供的所有功能.
  • StackEditCloud):StackEdit是Markdown编辑器,具有许多集成服务,例如数学(MathJax),Google Drive,Dropbox和GitHub.
  • CMD markdownCloud):CMD是具有数学(MathJax)支持的Markdown编辑器. 特殊之处在于它保留编辑历史记录. (中文界面.)
  • PenflipCloud):Penflip被设计为作家的GitHub. 它是基于Markdown的,并且像git一样,没有数学支持.
  • AuthoreaCloud):功能更强大的Markdown和LaTeX在线编辑器,可用于撰写精美的学术论文.
  • DillingerCloud):Markdown编辑器,但没有数学模式.
  • Online Kramdown EditorCloud):只是另一个Markdown编辑器,没有数学支持.
  • Pandoc MarkdownCloud):只是另一个具有数学(MathJax)支持的Markdown编辑器.
  • Marxico(“云”,“ Mac”,“ Win”,“ Chrome”):与Evernote集成在一起的Markdown编辑器,可生成pdf并离线运行. 马克飞象(Cloud,Mac,Win,Chrome)是中文版本.
  • MadokoCloudChrome):具有数学支持的Markdown编辑器,只需单击一下即可轻松插入图像,而文件则保存在Dropbox,GitHub,OneDrive或本地磁盘上. 它生成pdf和HTML页面,并使用浏览器的本地存储脱机工作. 甚至可以导入LaTeX文件.
  • MarkxCloud):Markdown编辑器,用于科学写作. 包括电池.
  • typoraMacWin):精美的用户界面和现场实时预览.
  • HaroopadMacWinLinux):一个功能强大的github风格的markdown编辑器,具有有用的扩展名. 支持数学(mathjax).
  • jbt/markdown-editorCloud):只是另一个没有数学支持的在线Markdown编辑器.
  • MouMac):Mou曾经是Mac上最好的Markdown编辑器. 不错,但不要预购Mou 1.0. 这个项目已经死了,非正式地. 了解为什么死掉,请阅读此文。
  • MarkdownPadWin):如果您对.NET没有不好的感觉,那就太好了.
  • ReTextMacWinLinux):即使在Linux上,也可以重新编写最好的文本之一. 它还支持reStructuredText输入.
  • MadokoCloud): LaTeX ×Markdown²
  • eme (Win,Mac,Linux): Math support.
  • Moeditor (“ Win”,“ Mac”,“ Linux”):通用降价编辑器.

您可以在Markdown中编写的笔记本软件:

  • boostnoteWinMacLinux):Math + Markdown,带有摘要注释支持.
  • QuiverMaciOS):程序员的笔记本,数学+ Markdown,代码段.
  • FindingsMac):实验者的笔记本,有组织的研究材料和笔记.
  • Notion (“ Win”,“ Mac”,“ iOS”,“ Android”):使用看板,数学,日历,表格等记录笔记.
  • AgendaMaciOS):Notes和GTD.

LaTeX

  • ShareLaTeXCloud):Dropbox和GitHub集成,预览,合作,简单的UI. 它还提供了很多模板.
  • OverleafCloud):内置版本控制.
  • AuthoreaCloud):易于使用的UI. 同时支持Markdown和LaTeX.
  • PapeeriaCloud):只是另一个带有情节编译器和协作的在线LaTeX和Markdown.
  • JaxEditCloud):JaxEdit不提供完整的LaTeX支持,但足以用于简单的LaTeX文档和幻灯片.

您也可以使用自己的计算机托管一个主机.

  • FlyLaTeX:sharelatex的免费开源版本
  • ShareLaTeX Source Code :ShareLaTeX开源了他们的代码. 我会说这是一个重大举措.
  • TeXStudio -源自TeXMaker的跨平台LaTeX编辑器.
  • WinEdt -许多人发誓的LaTeX编辑器.
  • TeXnicCenter -LaTeX的老字号,但又免费又不错.
  • LyX -跨平台的WYSIWYM编辑器,该编辑器在后台使用LaTeX渲染文档.
  • TeXshop -MacTeX中包含的LaTeX文档的精简编辑器.
  • TeXWorks -以TeXShop为蓝本的LaTeX代码编辑器,但它是跨平台的.

IPython Notebook

使用IPython Notebook帮助您进行研究. IPython Notebook可以直接在GitHub上预览. 以下是一些有关如何使用IPython Notebook的示例.

Mindmap

Standalone

心灵经理 * XMind

Online

MINDMAP HTML

Concept Map and Diagrams

  1. Gliffy:各种图表
  2. ProcessOn:各种图表
  3. Draw.io:各种图表

Keep The Notes

>始终跟踪笔记的变化总会更好,而gitgit是一个不错的选择. 因此, GitHub 是几乎完美的地方.

>至于LaTeX, latexdiff 是用于检查差异的工具.

> 某些程序允许您将降价注释保留在服务器上.

  • Raneto :Raneto是一个开源知识库平台,它使用静态Markdown文件为您的知识库提供动力. 这个看起来不错.
  • Realms :由Gollum,Ghost和Dillinger启发的Python编写的基于Git的Wiki. 包括基本身份验证和注册.
  • Tiddlywiki:用于捕获,组织和共享复杂信息的独特的非线性笔记本.
  • 其他 static site generators.

为了进行实验研究,eLabFTW制作了一个在线Labnote系统: eLabFTW.

Presentation Tools

Keep You Computer Awake

>在演示过程中保持计算机苏醒很重要. 无需更改电源选项,以下工具也可以完成此工作.

  • CaffeineMac):只需单击即可.
  • AmphetamineMac):涉及更多配置,并且更加智能.

Online Load and Edit

Use The Source

>需要一些前端技术.

HTML+CSS+JS

>使用 colors 使您的HTML感觉更好.

IPython/Jupyter Notebook

>支持Python,Julia,R,Scala和其他语言 IPython/Jupyter Notebook 也可以用来做演示.

>参考 math and programming online 适用于基于云的Jupyter笔记本.

LaTeX Beamer

Mathematica

The Power of SVG

在线SVG编辑器:

本地SVG编辑器:

Sharing Slides

  • GitHub pages:适用于基于HTML的幻灯片.
  • Speaker Deck 由GitHub提供:PDF幻灯片. 可以在线显示或嵌入.

Programming

Code Editors

  • Visual Studio Code, aka VS CodeFreeCross-platformPlugins):与atom相同的技术,但比atom更快,微软制造了.
  • AtomFreeCross-platformPlugins):基于电子的编辑器,具有众多插件和易于修改的功能. 跨平台的设置和插件通过 sync-settings 插入.
  • Sublime Text (“免费评估”,“跨平台”,“插件”):跨平台,快速且具有插件. 不是免费的,但可以永远永久使用.
  • JetBrains(“学生免费”,“跨平台”,“插件”):漂亮的IDE,集成了许多调试和编辑模式.
  • vimFreeCross-platformPlugins):没有任何语言可以描述全能的vim.
  • Vundle: the vim plugin manager
  • vimrc from amix:“ Vim的最终配置:vimrc”

Softwares

Scientific Computing

Coding is Fun

Academic

Self-plagiarism

>这可能不是那么简单,但请记住这一点. 重用自己的作品并不能保护您免受窃! 继续阅读

Investigate Papers

  • Paperscape:寻找有趣的论文.
  • Peerus:监视特定主题或期刊以查找新的和相关的论文.
  • SciRate:arXiv的前端,具有读者的评价.
  • ArXiv Sanity Preserver:通过arXiv加速针对Andrej Karpathy机器学习的许多事物的研究.
  • Iris.ai:探索科学论文以及它们如何与您选择的论文联系起来.
  • Publish or Perish:检索和分析旨在提高个人学术能力的学术引用,以使他们的案例对研究产生影响,从而发挥其最大优势.
  • PubChase:生命科学和医学文献推荐引擎.

Get Yourself A Citable Code for Anything

  • Zenodo:通过在此处获取DOI代码,使GitHub上的任何内容可引用.

Get Yourself A Unique and Persistent Digital Identifier

  • orcid:在任何研究工作流程中都使用ORCID标识符,以确保您的工作获得认可.

Add Citations to Your Code

  • duecredit:允许您将装饰器添加到对书目详细信息进行编码的Python函数中.

Open Science

Bibliography

  • ReadCube/Papers :一个全平台的应用程序,可用于管理参考,记笔记等. 以前的论文已改名为ReadCube论文.
  • Mendeley:具有云存储和BibTeX支持的书目参考管理器.
  • Zotero:具有同步和BibTeX支持的开源书目参考管理器.
  • Zotero Style Repository:找到您需要的任何样式.
  • JabRef:BibTeX格式的开源书目参考管理器.
  • doi2bib:从DOI检索BibTeX条目.
  • crossref:使研究结果易于查找,引用,链接和评估.
  • org-ref:Emacs中组织模式的引用,交叉引用,索引,词汇表和bibtex实用程序.

Tips for Researchers

Pacifier

Rainy Mood, CoffitivityNoisli 是推荐的.

  • Rainy Mood (“ iOS”,“ Android”,“ Web”):下雨天下雨的心情,简单但有出色的白噪声; 每天都有新的美丽配乐
  • Coffitivity (iOS,Android,Web,Mac):一个相当简单但有用的咖啡店噪音库; premium有3条以上的配乐; 优雅的用户界面; 科研动力
  • Brain.fmWeb):通过音频脑电波训练改善注意力,放松和睡眠. 不是免费的,但值得每一分钱.
  • NoizioiOSMac):方便的白噪声工具,位于Mac状态栏中.
  • Noisli (iOS,Android,Web,Chrome):免费混合多个音轨(类似于Soundrown,但UI更好). 用户可以保存自定义设置以供以后使用. 我个人认为,这种声音的音轨比声音响的要好.
  • SoundrownWeb):自由混合多首曲目
  • Muji SleepiOSAndroid
  • A Soft MurmurWeb):自由混合多个音轨; 简单的用户界面; 提供计时器; 可用曲折
  • mynoiseiOSWeb):噪声发生器; 选择很多(实际上太多); 详细均衡器
  • Rainy CafeWeb):不多说只是多雨的心情和联想
  • Sleep Pillow (“ iOS”,“ Mac”):单击并播放样式预加载的场景; 易于使用; 漂亮的设计
  • A youtube audio track of coffee shop (really long)
  • A youtube audio track of 10 hours rain fall
  • TaoMixAndroid):混音集中
  • CalmiOSAndroidWeb):帮助您冷静下来
  • RainingiOSAndroidWeb):下着雨,打雷
  • focus@will (“ iOS”,“ Android”,“ Web”):音乐可以增强您的大脑; 现在付费服务

一些其他相关的东西

Online Discussions

Forums and Q&A's

> StackExchange.com是进行专业讨论的好地方. 这是一个例子.

Open Source

>开源很棒. 使用git.

Open Licenses

>通常,开放许可是

Use Licenses

>选择许可证,一种简单的方法是使用

  • Choose a License 这可以帮助您通过几个步骤来决定要使用哪个许可证.

> CC许可证可在以下位置找到 Creative Commons . 有关其他徽章或图标,请检查以下内容.

  • Guokr Badge :绿色CC许可徽章. (文件为中文

Data Visualization and Graph Making

Data Visualization

JS和jQuery

Python

Graph Making

>专业图形应使用专业工具制作.

  • GeoGebra(“云”,“ Mac”,“ Win”,“ Linux”,“ Android”,“ iOS”,“ Win Store”):Geogebra是制作2D和3D数学图形的非常酷的工具.
  • LaTeXDrawLinux):“ LaTeX的矢量绘图编辑器.”
  • TikZ(LaTeX)
  • BoxPlotRWeb):用于生成箱形图的网络工具.

>为您的研究图选择百分准确的颜色. 为什么? (1, 2)

LaTeX

>比Microsoft Word好得多.

Tips

Symbols

  • Detexify:通过在线绘画找出符号是什么

Graphing

Fonts

Templates

References

数学排版

  • Math into Type :这是一本关于数学相关排版的好书. 这是版权材料. 请不要重新分发.

MISC

Terminal

Free Multimedia

More


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