研究工具

Awesome Research Tools

Awesome

研究工具清单.

TOC

Be-Organized

Version Control System

首先，每个人都应该知道版本控制系统. 版本控制是科学家最有用的工具之一.

*去 * svn * mercurial

Online Git Service

  • GitHub：无需描述.
  • BitBucket：替代GitHub，为小型团队提供免费的私人存储库（最多5个用户）.
  • GitLab ：与GitHub和BitBucket类似，可以是基于云的，也可以是自托管的. 这包括 无限制的免费私人存储库，问题跟踪器和持续集成工具.

Self-hosted Git Server

Enterprise Git Service

Pomodoro

Try Pomodoro Technique 获得效率和健康.

  • Pomotodo （Cloud，Mac，Win，Android，iOS，Chrome）：todo list和pomodoro timer的混合，跨设备同步和每周报告[免费].
  • Tadam （Mac）：简单而优雅的番茄钟[USD $ 4.99].
  • Productivity Challenge Timer （Android）：具有强大游戏功能的番茄钟计时器[免费].

GTD-Task Manager

GTD（Getting Things Done）方法依赖于将计划任务和项目移出思想的想法 在外部记录它们然后将它们分成可操作的工作项目. 这使人们可以集中注意力 对任务采取行动，而不是回忆它们（Wikipedia). 任务可以分为上下文（@ home，@ computer，@ office等），行动时间（现在，下一步行动，预定或 某一天）和项目. Here 我们有一个很好的GTD实用指南 here 一个流程图.

  • Wunderlist （Cloud，'Mac，Win，Android，iOS，Win Store，Chrome OS`）：几乎完美的todo列表，合作和共享.
  • Evernote （Cloud，Mac，Win，Android，iOS，Win Store）：不是那么轻巧，但仍然非常适合管理生活，特别是因为它有很多来自很多的集成其他服务.
  • Anydo （Cloud，'Mac，Android，iOS`）：很好，因为它有一个非常好的日常审查，可以帮助用户记住该做什么.
  • Todoist （Cloud，'Mac，Win，Android，iOS`）：Todoist发明了业力系统，可以跟踪完成的任务.
  • Taskade （Cloud，'Mac，Win，Chrome OS，Firefox，Android，iOS`）：Taskade是团队项目的协作任务列表和大纲.

Cloud Services

对于自托管服务，请查看 awesome-selfhosted 在GitHub上.

Math and Programming

编码/数值计算/在线分析推导.

Plots

  • plot.ly：集成了许多云服务的在线绘图.
  • Desmos：函数图.
  • graph.tk：具有丰富功能的在线绘图.
  • DataJoy ：由ShareLaTeX团队开发; python＆R此刻.
  • Wolfram Alpha：根据您的数据制作功能图表，甚至更多.

Data

Nature托管推荐的数据存储库列表 here.

General and Interdisciplinary

  • DRYAD （Storage，Lookup）：Dryad Digital Repository存储精选数据.
  • Figshare （Storage，Lookup）：数据共享和存储
  • Data.gov （Lookup）：美国联邦政府的数据

Life Science

Physical Sciences

Arts and Humanities

Engineering

Social Sciences

Colors

为您的演示文稿和笔记选择一种令人愉悦的颜色.

Publishing and Sharing

利用 GitHub 与他人合作. GitHub pages 也适用于托管静态内容.

Writing

Markdown是最好的写作语言之一.查看这些编辑器 Markdown section.

利用这些程序进行发布：

  • Sphinx：RestructuredText作为源文件，功能强大，灵活，模块化.
  • Gitbook ：一个新的但有前途的HTML，pdf和epub工具，包括在线编辑和本地编辑. 像测验和数学这样的插件可以帮助写科学.
  • Git-scribe：适合写电子书.
  • Static Site Generator：有关更多信息，请参阅 Static Site Generator.

狮身人面像主题和配置

使用Sphinx的科学书籍

书写工具

  • Hemingway App：突出复杂的句子，指出被动的声音，并建议替代词.
  • proselint：使用来自加纳的现代美国用法等的建议，为英国散文提供便利.
  • write good：Naive JavaScript linter for English prose.
  • artbollocks-mode：Emacs次要模式，用于在撰写艺术（或其他主题）时避免陈词滥调和错误的语法.
  • cut_the_crap.py：简单的Python脚本，用于标记冗余单词并提供其他建议.
  • Rousseau：用JavaScript编写的轻量级校对器.
  • textlint-rule-rousseau：使用Rousseau检查英语句子的文本规则.
  • De-Jargonizer：粘贴您的文章或上传文件，以分析您写作中的行话数量.

Hosting

托管您的文章，笔记等.

  • ReadtheDocs：将reStructuredText源转换为HTML，PDF和epub，所有这些都在线完成.
  • GitHub pages ：与Jekyll集成并自动转换markdown帖子. Jekyll是一个博客工具.
  • GitHub ：只需在GitHub上放置markdown，reStructuredText，PDF或IPython / Jupyter笔记本文件. 所有这些格式都可以在线预览. 值得一提的是，IPython笔记本中的数学运算可以在GitHub上呈现.
  • Aerobatic：GitHub Pages的强大替代品.
  • Surge ：一个命令上传您的静态网站以使其生效. Surge还集成了GitHub挂钩.
  • Heroku：不需要解释的那个.

其他服务如 Digital Ocean 在动态网站和云计算方面也很有用.

Blog and CMS

在对平台进行调查之前，请先提醒自己：

> 我想写，而不是运行博客软件.

博客/ CMS软件

这些程序在服务器上运行，可以 hosted using these services.

  • Wordpress （PHP）：非常受欢迎，但需要大量维护.
  • Ghost （Node.js）：开放，简单，非盈利; 用markdown和实时预览写.
  • Pico （PHP）：轻量级的cms，开源，没有数据库.
  • Dropplets （PHP）：开源，简单，优雅的博客系统; 写在Markdown.

可以托管这些博客/ CMS软件 Digital Ocean.

Static Site Generator

Here is a nice website 它告诉你所有静态站点生成器. 尽管如此，这里列出了最受欢迎的列表.

  • Jekyll （用Ruby编写）（Markdown）：Jekyll是使用最广泛的. 关于Jekyll的最好的部分是通过将源推送到GitHub来部署到GitHub页面.
  • Octopress （用Ruby编写）（Markdown）：与Jekyll相比，Octopress更容易使用，同时与Jekyll有些兼容.
  • Hexo （写在Node.js）（Markdown）：“一个快速，简单和强大的博客框架”正如他们在他们的网站上所说的那样. 它支持GFM.
  • Pelican （用Python编写）（reStructuredText，Markdown，AsciiDoc）：Pelican是一个模块化的框架，非常适合博客.
  • Pelican Svbtle Theme
  • Nikola （用Python编写）（reStructuredText，Markdown，IPython Notebook / Jupyter，PHP等）：它采用多种输入格式，包括reStructuredText和许多其他格式.
  • Hugo （写在'Go）（Markdown`）：易于使用且非常快. 它还通过插件支持更多输入格式.

这些程序生成的站点可以托管 GitHub Pages.

Note Taking

Editors

Markdown，reStructuredText和LaTeX是三种选择的语言.

Markdown

  • StackEdit（Cloud）：StackEdit是一个Markdown编辑器，包含许多集成服务，如math（MathJax），Google Drive，Dropbox和GitHub.
  • Hackmd.io （Cloud）：基本上包含了您对最完整的在线降价编辑器所期望的一切.
  • CMD markdown （Cloud）：CMD是一个Markdown编辑器，支持数学（MathJax）. 特别之处在于它保留了编辑历史记录. （中文用户界面.）
  • Penflip （Cloud）：Penflip被设计成为作家的GitHub. 这是基于Markdown的，没有数学支持就像git一样.
  • Authorea（Cloud）：一个功能更强大的Markdown和LaTeX在线编辑器，可用于制作精美的学术论文.
  • Dillinger（Cloud）：Markdown编辑器，但没有数学模式.
  • Online Kramdown Editor（Cloud）：没有数学支持的另一个Markdown编辑器.
  • Pandoc Markdown（Cloud）：另一个Markdown编辑器，支持数学（MathJax）.
  • Marxico（Cloud，'Mac，Win，Chrome）：Markdown编辑器，与Evernote集成，生成pdf并脱机工作. [马克飞象](https://maxiang.io/)（Cloud，Mac，Win，Chrome`）是中文版.
  • Madoko （Cloud，Chrome）：具有数学支持的Markdown编辑器，只需单击一下即可轻松插入图像，同时将文件保存在Dropbox，GitHub，OneDrive或本地磁盘上. 它生成pdf和HTML页面，并使用浏览器的本地存储离线工作. 甚至可以导入LaTeX文件.
  • Markx （Cloud）：用于科学写作的Markdown编辑. 包括电池.
  • typora（Mac，Win）：漂亮的用户界面和现场实时预览.
  • Haroopad （Mac，Win，Linux）：一个功能强大的github风格的降价编辑器，带有有用的扩展名. 支持Math（mathjax）.
  • jbt/markdown-editor（Cloud）：另一个没有数学支持的在线Markdown编辑器.
  • Mou （Mac）：Mou曾经是Mac上最好的Markdown编辑器. 这不错，但不要预先订购Mou 1.0. 这个项目非正式，非正式. 了解为什么死掉，请阅读此文。
  • MarkdownPad （Win）：如果你对.NET没有不好的感觉，那就非常好了.
  • ReText （Mac，Win，Linux）：ReText是最好的之一，即使在Linux上也是如此. 它还支持reStructuredText输入.
  • Madoko （Cloud）： LaTeX ×Markdown²
  • eme （Win，'Mac，Linux`）：数学支持.
  • Moeditor （Win，'Mac，Linux`）：全能降价编辑器.

您可以在Markdown中编写的Notebook软件：

  • boostnote （Win，'Mac，Linux`）：Math + Markdown，支持片段记录.
  • Quiver （Mac，iOS）：程序员的笔记本，数学+ Markdown，代码片段.
  • Findings （Mac）：实验主义者的笔记本，有组织的研究材料和笔记.
  • Notion （Win，'Mac，iOS，Android`）：用看板，数学，日历，表格等进行记录.
  • Agenda （Mac，iOS）：Notes和GTD.

LaTeX

  • ShareLaTeX （Cloud）：Dropbox和GitHub的集成，预览，合作，简单的UI. 它还提供了很多模板.
  • Overleaf（Cloud）：内置版本控制.
  • Authorea （Cloud）：易于使用的UI. 支持Markdown和LaTeX.
  • Papeeria(Cloud): Just another online LaTeX and Markdown with plot compiler and collaborations.
  • JaxEdit（Cloud）：JaxEdit不提供完整的LaTeX支持，但对于简单的LaTeX文档和幻灯片来说已经足够了.

您也可以使用自己的机器托管一台.

  • FlyLaTeX：sharelatex的免费开源版本
  • ShareLaTeX Source Code ：ShareLaTeX开源他们的代码. 我会说这是一个很好的举动.
  • TeXStudio - 源自TeXMaker的跨平台LaTeX编辑器.
  • WinEdt - LaTeX编辑很多人发誓.
  • TeXnicCenter - 一个相当古老但免费且适合LaTeX的编辑器.
  • LyX - 跨平台WYSIWYM编辑器，在后台使用LaTeX渲染文档.
  • TeXshop - 包含在MacTeX中的LaTeX文档的严肃编辑器.
  • TeXWorks - 以TeXShop为模型的LaTeX代码的严肃编辑器，但这个是跨平台的.

IPython Notebook

使用IPython Notebook来帮助您进行研究. IPython Notebook可以直接在GitHub上预览. 以下是一些如何使用IPython笔记本的例子.

Mindmap

Standalone

心灵经理 * XMind 教

Online

MINDMAP HTML

Concept Map and Diagrams

  1. Gliffy：各种图表
  2. ProcessOn：各种图表
  3. Draw.io：各种图表

Keep The Notes

跟踪笔记的变化总是更好， git 是一个不错的选择. 因此， GitHub 是几乎完美的地方.

至于LaTeX， latexdiff 是一个检查差异的工具.

某些程序允许您在服务器上保留降价记录.

  • Raneto ：Raneto是一个开源知识库平台，它使用静态Markdown文件为您的知识库提供支持. 这个看起来很漂亮.
  • Realms ：用Python编写的基于Git的wiki，受到Gollum，Ghost和Dillinger的启发. 包括基本身份验证和注册.
  • Tiddlywiki：一种独特的非线性笔记本，用于捕获，组织和共享复杂信息.
  • 其他 static site generators.

对于实验研究，eLabFTW制作了在线实验室系统： eLabFTW.

Presentation Tools

Keep You Computer Awake

在演示期间保持计算机处于唤醒状态非常重要. 以下工具也可以完成这项工作，而不是更改电源选项.

  • Caffeine （Mac）：只需单击即可.
  • Amphetamine （Mac）：涉及更多配置，更智能.

Online Load and Edit

Use The Source

需要一些前端技术.

HTML+CSS+JS

Use colors 让你的HTML感觉更好.

IPython Notebook

Julia或Python语言，甚至支持R. IPython Notebook/Jupyter 可用于演示.

LaTeX Beamer

Mathematica

Mathematica slides 可以互动.

The Power of SVG

在线SVG编辑：

本地SVG编辑：

Sharing Slides

  • GitHub pages：对于基于Html的幻灯片.
  • Speaker Deck 作者：GitHub：PDF幻灯片. 可以在线显示或嵌入.

Programming

Code Editors

  • Atom （Free，Cross-platform，Plugins）：基于电子的编辑器，有许多插件和简单的修改. 通过设备和插件同步的跨平台 sync-settings 插入.
  • VS Code（Free，Cross-platform，Plugins）：与原子相同的技术，但比原子更快，而且微软制造.
  • Sublime Text （“免费评估”，“跨平台”，“插件”）：跨平台，快速和插件. 不是免费的，但可以永久免费使用.
  • JetBrains（“免费为学生”，“跨平台”，“插件”）：漂亮的IDE，集成了许多调试和编辑模式.
  • vim（Free，Cross-platform，Plugins）：没有任何文字可以描述全能的vim.
  • Vundle：vim插件管理器
  • vimrc from amix：“终极Vim配置：vimrc”

Softwares

Scientific Computing

Coding is Fun

Code Fights

Academic

Self-plagiarism

这可能不是那么简单但要记住这一点. 重复使用自己的工作并不能保护您免受剽窃！ 阅读它

Investigate Papers

  • Paperscape：找到有趣的论文.
  • Peerus：监控新的和相关论文的特定主题或期刊.
  • SciRate：arXiv的前端，读者费率.
  • ArXiv Sanity Preserver：通过arXiv加速研究，特别针对Andrej Karpathy的许多机器学习.
  • Iris.ai：探索科学论文以及他们如何连接到您选择的论文.
  • Publish or Perish：检索和分析学术引文，旨在使个别学者能够展示他们的案例，以便最大限度地发挥研究影响力.
  • PubChase：生命科学和医学文献推荐引擎.

Get Yourself A Citable Code for Anything

  • Zenodo：通过在这里获取DOI代码，从GitHub中获取任何内容.

Get Yourself A Unique and Persistent Digital Identifier

  • orcid：在任何研究工作流程中使用您的ORCID标识符，以确保您获得工作的信誉.

Add Citations to Your Code

  • duecredit：允许您将编辑器添加到编码书目详细信息的Python函数中.

Open Science

Bibliography

  • JabRef：BibTeX格式的开源参考书目参考管理器.
  • Mendeley：具有云存储和BibTeX支持的参考书目参考管理器.
  • Zotero：具有同步和BibTeX支持的开源参考书目参考管理器.
  • Zotero Style Repository：找到你需要的任何风格.
  • doi2bib：从DOI中检索BibTeX条目.
  • crossref：使研究成果易于查找，引用，链接和评估.
  • org-ref：Emacs中的org-mode的引用，交叉引用，索引，词汇表和bibtex utitlies.

Tips for Researchers

Pacifier

Rainy Mood, Coffitivity 和 Noisli 是推荐的.

  • Rainy Mood （iOS，Android，Web）：阴雨天气，简单但有极好的白噪声; 每天都有一首新的美妙配乐
  • Coffitivity （iOS，Android，Web，Mac）：一个相当简单但有用的咖啡店噪音库; 溢价还有三个以上的配乐; 优雅的UI; 科学研究的动力
  • Brain.fm （Web）：通过音频脑波训练改善焦点，放松和睡眠. 不是免费但值得每一分钱.
  • Noizio（iOS，Mac）：一个方便的白噪声工具，保留在你的Mac状态栏中.
  • Noisli （iOS，Android，Web，Chrome）：多个曲目的自由混合（类似于Soundrown但具有更好的UI）. 用户可以保存自定义设置供以后使用. 我个人认为这个声音比声音更好.
  • Soundrown（Web）：自由混合多个轨道
  • Muji Sleep（iOS，'Android`）
  • A Soft Murmur （Web）：多个轨道的自由混合; 简单的UI; 提供定时器; 曲折可用
  • mynoise （iOS，Web）：噪音发生器; 很多选择（实际上太多）; 详细的均衡器
  • Rainy Cafe（“网络”）：不仅仅是说多雨的情绪和同性恋的结合
  • Sleep Pillow （iOS，Mac）：点击播放预装场景; 使用方便; 漂亮的设计
  • A youtube audio track of coffee shop (really long)
  • A youtube audio track of 10 hours rain fall
  • TaoMix （Android）：声音混合集中
  • Calm（iOS，Android，Web）：帮助你平静下来
  • Raining（iOS，Android，Web）：下雨和雷声
  • focus@will （iOS，Android，Web）：音乐可以提升你的大脑; 现在付费服务

一些其他相关的东西

Online Discussions

Forums and Q&A's

StackExchange.com是专业讨论的好地方. 这是一个例子.

Open Source

开源很棒.

Open Licenses

通常，开放许可是其中的一部分

Use Licenses

要选择许可证，一种简单的方法就是使用

  • Choose a License 这有助于您通过几个步骤决定使用哪个许可证.

可以在以下位置找到CC许可证 Creative Commons . 对于替代徽章或图标，请检查以下内容.

  • Guokr Badge ：绿色CC许可证徽章. （文件是中文的.）

Data Visualization and Graph Making

Data Visualization

JS和jQuery

Python

Graph Making

应使用专业工具制作专业图表.

  • GeoGebra（Cloud，'Mac，Win，Linux，Android，iOS，Win Store`）：Geogebra是一个非常酷的工具，可以制作2D和3D数学图形.
  • LaTeXDraw（Linux）：“LaTeX的矢量绘图编辑器.”
  • TikZ(LaTeX)
  • BoxPlotR（Web）：用于生成箱形图的网络工具.

LaTeX

Tips

Symbols

  • Detexify：通过在线绘图找出符号是什么

Graphing

Fonts

Templates

References

数学排版

  • Math into Type: This is a great book for math related typography. This is copyright material. Please DO NOT redistribute.

MISC

Terminal

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