研究工具

Awesome Research Tools

Awesome

研究工具清单.

TOC

Be-Organized

Version Control System

首先,每个人都应该知道版本控制系统. 版本控制是科学家最有用的工具之一.

*去 * svn * mercurial

Online Git Service

  • GitHub:无需描述.
  • BitBucket:替代GitHub,为小型团队提供免费的私人存储库(最多5个用户).
  • GitLab :与GitHub和BitBucket类似,可以是基于云的,也可以是自托管的. 这包括 无限制的免费私人存储库,问题跟踪器和持续集成工具.

Self-hosted Git Server

Enterprise Git Service

Pomodoro

Try Pomodoro Technique 获得效率和健康.

  • PomotodoCloudMacWinAndroidiOSChrome):todo list和pomodoro timer的混合,跨设备同步和每周报告[免费].
  • TadamMac):简单而优雅的番茄钟[USD $ 4.99].
  • Productivity Challenge TimerAndroid):具有强大游戏功能的番茄钟计时器[免费].

GTD-Task Manager

GTD(Getting Things Done)方法依赖于将计划任务和项目移出思想的想法 在外部记录它们然后将它们分成可操作的工作项目. 这使人们可以集中注意力 对任务采取行动,而不是回忆它们(Wikipedia). 任务可以分为上下文(@ home,@ computer,@ office等),行动时间(现在,下一步行动,预定或 某一天)和项目. Here 我们有一个很好的GTD实用指南 here 一个流程图.

  • WunderlistCloud,'MacWinAndroidiOSWin StoreChrome OS`):几乎完美的todo列表,合作和共享.
  • EvernoteCloudMacWinAndroidiOSWin Store):不是那么轻巧,但仍然非常适合管理生活,特别是因为它有很多来自很多的集成其他服务.
  • AnydoCloud,'MacAndroidiOS`):很好,因为它有一个非常好的日常审查,可以帮助用户记住该做什么.
  • TodoistCloud,'MacWinAndroidiOS`):Todoist发明了业力系统,可以跟踪完成的任务.
  • TaskadeCloud,'MacWinChrome OSFirefoxAndroidiOS`):Taskade是团队项目的协作任务列表和大纲.

Cloud Services

对于自托管服务,请查看 awesome-selfhosted 在GitHub上.

Math and Programming

编码/数值计算/在线分析推导.

Plots

  • plot.ly:集成了许多云服务的在线绘图.
  • Desmos:函数图.
  • graph.tk:具有丰富功能的在线绘图.
  • DataJoy :由ShareLaTeX团队开发; python&R此刻.
  • Wolfram Alpha:根据您的数据制作功能图表,甚至更多.

Data

Nature托管推荐的数据存储库列表 here.

General and Interdisciplinary

  • DRYADStorageLookup):Dryad Digital Repository存储精选数据.
  • FigshareStorageLookup):数据共享和存储
  • Data.govLookup):美国联邦政府的数据

Life Science

Physical Sciences

Arts and Humanities

Engineering

Social Sciences

Colors

为您的演示文稿和笔记选择一种令人愉悦的颜色.

Publishing and Sharing

利用 GitHub 与他人合作. GitHub pages 也适用于托管静态内容.

Writing

Markdown是最好的写作语言之一.查看这些编辑器 Markdown section.

利用这些程序进行发布:

  • Sphinx:RestructuredText作为源文件,功能强大,灵活,模块化.
  • Gitbook :一个新的但有前途的HTML,pdf和epub工具,包括在线编辑和本地编辑. 像测验和数学这样的插件可以帮助写科学.
  • Git-scribe:适合写电子书.
  • Static Site Generator:有关更多信息,请参阅 Static Site Generator.

狮身人面像主题和配置

使用Sphinx的科学书籍

书写工具

  • Hemingway App:突出复杂的句子,指出被动的声音,并建议替代词.
  • proselint:使用来自加纳的现代美国用法等的建议,为英国散文提供便利.
  • write good:Naive JavaScript linter for English prose.
  • artbollocks-mode:Emacs次要模式,用于在撰写艺术(或其他主题)时避免陈词滥调和错误的语法.
  • cut_the_crap.py:简单的Python脚本,用于标记冗余单词并提供其他建议.
  • Rousseau:用JavaScript编写的轻量级校对器.
  • textlint-rule-rousseau:使用Rousseau检查英语句子的文本规则.
  • De-Jargonizer:粘贴您的文章或上传文件,以分析您写作中的行话数量.

Hosting

托管您的文章,笔记等.

  • ReadtheDocs:将reStructuredText源转换为HTML,PDF和epub,所有这些都在线完成.
  • GitHub pages :与Jekyll集成并自动转换markdown帖子. Jekyll是一个博客工具.
  • GitHub :只需在GitHub上放置markdown,reStructuredText,PDF或IPython / Jupyter笔记本文件. 所有这些格式都可以在线预览. 值得一提的是,IPython笔记本中的数学运算可以在GitHub上呈现.
  • Aerobatic:GitHub Pages的强大替代品.
  • Surge :一个命令上传您的静态网站以使其生效. Surge还集成了GitHub挂钩.
  • Heroku:不需要解释的那个.

其他服务如 Digital Ocean 在动态网站和云计算方面也很有用.

Blog and CMS

在对平台进行调查之前,请先提醒自己:

> 我想写,而不是运行博客软件.

博客/ CMS软件

这些程序在服务器上运行,可以 hosted using these services.

  • WordpressPHP):非常受欢迎,但需要大量维护.
  • GhostNode.js):开放,简单,非盈利; 用markdown和实时预览写.
  • PicoPHP):轻量级的cms,开源,没有数据库.
  • DroppletsPHP):开源,简单,优雅的博客系统; 写在Markdown.

可以托管这些博客/ CMS软件 Digital Ocean.

Static Site Generator

Here is a nice website 它告诉你所有静态站点生成器. 尽管如此,这里列出了最受欢迎的列表.

  • Jekyll (用Ruby编写)(Markdown):Jekyll是使用最广泛的. 关于Jekyll的最好的部分是通过将源推送到GitHub来部署到GitHub页面.
  • Octopress (用Ruby编写)(Markdown):与Jekyll相比,Octopress更容易使用,同时与Jekyll有些兼容.
  • Hexo (写在Node.js)(Markdown):“一个快速,简单和强大的博客框架”正如他们在他们的网站上所说的那样. 它支持GFM.
  • Pelican (用Python编写)(reStructuredTextMarkdownAsciiDoc):Pelican是一个模块化的框架,非常适合博客.
  • Pelican Svbtle Theme
  • Nikola (用Python编写)(reStructuredTextMarkdownIPython Notebook / JupyterPHP等):它采用多种输入格式,包括reStructuredText和许多其他格式.
  • Hugo (写在'Go)(Markdown`):易于使用且非常快. 它还通过插件支持更多输入格式.

这些程序生成的站点可以托管 GitHub Pages.

Note Taking

Editors

Markdown,reStructuredText和LaTeX是三种选择的语言.

Markdown

  • StackEditCloud):StackEdit是一个Markdown编辑器,包含许多集成服务,如math(MathJax),Google Drive,Dropbox和GitHub.
  • Hackmd.ioCloud):基本上包含了您对最完整的在线降价编辑器所期望的一切.
  • CMD markdownCloud):CMD是一个Markdown编辑器,支持数学(MathJax). 特别之处在于它保留了编辑历史记录. (中文用户界面.)
  • PenflipCloud):Penflip被设计成为作家的GitHub. 这是基于Markdown的,没有数学支持就像git一样.
  • AuthoreaCloud):一个功能更强大的Markdown和LaTeX在线编辑器,可用于制作精美的学术论文.
  • DillingerCloud):Markdown编辑器,但没有数学模式.
  • Online Kramdown EditorCloud):没有数学支持的另一个Markdown编辑器.
  • Pandoc MarkdownCloud):另一个Markdown编辑器,支持数学(MathJax).
  • MarxicoCloud,'MacWinChrome):Markdown编辑器,与Evernote集成,生成pdf并脱机工作. [马克飞象](https://maxiang.io/)(CloudMacWinChrome`)是中文版.
  • MadokoCloudChrome):具有数学支持的Markdown编辑器,只需单击一下即可轻松插入图像,同时将文件保存在Dropbox,GitHub,OneDrive或本地磁盘上. 它生成pdf和HTML页面,并使用浏览器的本地存储离线工作. 甚至可以导入LaTeX文件.
  • MarkxCloud):用于科学写作的Markdown编辑. 包括电池.
  • typoraMacWin):漂亮的用户界面和现场实时预览.
  • HaroopadMacWinLinux):一个功能强大的github风格的降价编辑器,带有有用的扩展名. 支持Math(mathjax).
  • jbt/markdown-editorCloud):另一个没有数学支持的在线Markdown编辑器.
  • MouMac):Mou曾经是Mac上最好的Markdown编辑器. 这不错,但不要预先订购Mou 1.0. 这个项目非正式,非正式. 了解为什么死掉,请阅读此文。
  • MarkdownPadWin):如果你对.NET没有不好的感觉,那就非常好了.
  • ReTextMacWinLinux):ReText是最好的之一,即使在Linux上也是如此. 它还支持reStructuredText输入.
  • MadokoCloud): LaTeX ×Markdown²
  • emeWin,'MacLinux`):数学支持.
  • MoeditorWin,'MacLinux`):全能降价编辑器.

您可以在Markdown中编写的Notebook软件:

  • boostnoteWin,'MacLinux`):Math + Markdown,支持片段记录.
  • QuiverMaciOS):程序员的笔记本,数学+ Markdown,代码片段.
  • FindingsMac):实验主义者的笔记本,有组织的研究材料和笔记.
  • NotionWin,'MaciOSAndroid`):用看板,数学,日历,表格等进行记录.
  • AgendaMaciOS):Notes和GTD.

LaTeX

  • ShareLaTeXCloud):Dropbox和GitHub的集成,预览,合作,简单的UI. 它还提供了很多模板.
  • OverleafCloud):内置版本控制.
  • AuthoreaCloud):易于使用的UI. 支持Markdown和LaTeX.
  • Papeeria(Cloud): Just another online LaTeX and Markdown with plot compiler and collaborations.
  • JaxEditCloud):JaxEdit不提供完整的LaTeX支持,但对于简单的LaTeX文档和幻灯片来说已经足够了.

您也可以使用自己的机器托管一台.

  • FlyLaTeX:sharelatex的免费开源版本
  • ShareLaTeX Source Code :ShareLaTeX开源他们的代码. 我会说这是一个很好的举动.
  • TeXStudio - 源自TeXMaker的跨平台LaTeX编辑器.
  • WinEdt - LaTeX编辑很多人发誓.
  • TeXnicCenter - 一个相当古老但免费且适合LaTeX的编辑器.
  • LyX - 跨平台WYSIWYM编辑器,在后台使用LaTeX渲染文档.
  • TeXshop - 包含在MacTeX中的LaTeX文档的严肃编辑器.
  • TeXWorks - 以TeXShop为模型的LaTeX代码的严肃编辑器,但这个是跨平台的.

IPython Notebook

使用IPython Notebook来帮助您进行研究. IPython Notebook可以直接在GitHub上预览. 以下是一些如何使用IPython笔记本的例子.

Mindmap

Standalone

心灵经理 * XMind

Online

MINDMAP HTML

Concept Map and Diagrams

  1. Gliffy:各种图表
  2. ProcessOn:各种图表
  3. Draw.io:各种图表

Keep The Notes

跟踪笔记的变化总是更好, git 是一个不错的选择. 因此, GitHub 是几乎完美的地方.

至于LaTeX, latexdiff 是一个检查差异的工具.

某些程序允许您在服务器上保留降价记录.

  • Raneto :Raneto是一个开源知识库平台,它使用静态Markdown文件为您的知识库提供支持. 这个看起来很漂亮.
  • Realms :用Python编写的基于Git的wiki,受到Gollum,Ghost和Dillinger的启发. 包括基本身份验证和注册.
  • Tiddlywiki:一种独特的非线性笔记本,用于捕获,组织和共享复杂信息.
  • 其他 static site generators.

对于实验研究,eLabFTW制作了在线实验室系统: eLabFTW.

Presentation Tools

Keep You Computer Awake

在演示期间保持计算机处于唤醒状态非常重要. 以下工具也可以完成这项工作,而不是更改电源选项.

  • CaffeineMac):只需单击即可.
  • AmphetamineMac):涉及更多配置,更智能.

Online Load and Edit

Use The Source

需要一些前端技术.

HTML+CSS+JS

Use colors 让你的HTML感觉更好.

IPython Notebook

Julia或Python语言,甚至支持R. IPython Notebook/Jupyter 可用于演示.

LaTeX Beamer

Mathematica

Mathematica slides 可以互动.

The Power of SVG

在线SVG编辑:

本地SVG编辑:

Sharing Slides

  • GitHub pages:对于基于Html的幻灯片.
  • Speaker Deck 作者:GitHub:PDF幻灯片. 可以在线显示或嵌入.

Programming

Code Editors

  • AtomFreeCross-platformPlugins):基于电子的编辑器,有许多插件和简单的修改. 通过设备和插件同步的跨平台 sync-settings 插入.
  • VS CodeFreeCross-platformPlugins):与原子相同的技术,但比原子更快,而且微软制造.
  • Sublime Text (“免费评估”,“跨平台”,“插件”):跨平台,快速和插件. 不是免费的,但可以永久免费使用.
  • JetBrains(“免费为学生”,“跨平台”,“插件”):漂亮的IDE,集成了许多调试和编辑模式.
  • vimFreeCross-platformPlugins):没有任何文字可以描述全能的vim.
  • Vundle:vim插件管理器
  • vimrc from amix:“终极Vim配置:vimrc”

Softwares

Scientific Computing

Coding is Fun

Code Fights

Academic

Self-plagiarism

这可能不是那么简单但要记住这一点. 重复使用自己的工作并不能保护您免受剽窃! 阅读它

Investigate Papers

  • Paperscape:找到有趣的论文.
  • Peerus:监控新的和相关论文的特定主题或期刊.
  • SciRate:arXiv的前端,读者费率.
  • ArXiv Sanity Preserver:通过arXiv加速研究,特别针对Andrej Karpathy的许多机器学习.
  • Iris.ai:探索科学论文以及他们如何连接到您选择的论文.
  • Publish or Perish:检索和分析学术引文,旨在使个别学者能够展示他们的案例,以便最大限度地发挥研究影响力.
  • PubChase:生命科学和医学文献推荐引擎.

Get Yourself A Citable Code for Anything

  • Zenodo:通过在这里获取DOI代码,从GitHub中获取任何内容.

Get Yourself A Unique and Persistent Digital Identifier

  • orcid:在任何研究工作流程中使用您的ORCID标识符,以确保您获得工作的信誉.

Add Citations to Your Code

  • duecredit:允许您将编辑器添加到编码书目详细信息的Python函数中.

Open Science

Bibliography

  • JabRef:BibTeX格式的开源参考书目参考管理器.
  • Mendeley:具有云存储和BibTeX支持的参考书目参考管理器.
  • Zotero:具有同步和BibTeX支持的开源参考书目参考管理器.
  • Zotero Style Repository:找到你需要的任何风格.
  • doi2bib:从DOI中检索BibTeX条目.
  • crossref:使研究成果易于查找,引用,链接和评估.
  • org-ref:Emacs中的org-mode的引用,交叉引用,索引,词汇表和bibtex utitlies.

Tips for Researchers

Pacifier

Rainy Mood, CoffitivityNoisli 是推荐的.

  • Rainy MoodiOSAndroidWeb):阴雨天气,简单但有极好的白噪声; 每天都有一首新的美妙配乐
  • CoffitivityiOSAndroidWebMac):一个相当简单但有用的咖啡店噪音库; 溢价还有三个以上的配乐; 优雅的UI; 科学研究的动力
  • Brain.fmWeb):通过音频脑波训练改善焦点,放松和睡眠. 不是免费但值得每一分钱.
  • NoizioiOSMac):一个方便的白噪声工具,保留在你的Mac状态栏中.
  • NoisliiOSAndroidWebChrome):多个曲目的自由混合(类似于Soundrown但具有更好的UI). 用户可以保存自定义设置供以后使用. 我个人认为这个声音比声音更好.
  • SoundrownWeb):自由混合多个轨道
  • Muji SleepiOS,'Android`)
  • A Soft MurmurWeb):多个轨道的自由混合; 简单的UI; 提供定时器; 曲折可用
  • mynoiseiOSWeb):噪音发生器; 很多选择(实际上太多); 详细的均衡器
  • Rainy Cafe(“网络”):不仅仅是说多雨的情绪和同性恋的结合
  • Sleep PillowiOSMac):点击播放预装场景; 使用方便; 漂亮的设计
  • A youtube audio track of coffee shop (really long)
  • A youtube audio track of 10 hours rain fall
  • TaoMixAndroid):声音混合集中
  • CalmiOSAndroidWeb):帮助你平静下来
  • RainingiOSAndroidWeb):下雨和雷声
  • focus@williOSAndroidWeb):音乐可以提升你的大脑; 现在付费服务

一些其他相关的东西

Online Discussions

Forums and Q&A's

StackExchange.com是专业讨论的好地方. 这是一个例子.

Open Source

开源很棒.

Open Licenses

通常,开放许可是其中的一部分

Use Licenses

要选择许可证,一种简单的方法就是使用

  • Choose a License 这有助于您通过几个步骤决定使用哪个许可证.

可以在以下位置找到CC许可证 Creative Commons . 对于替代徽章或图标,请检查以下内容.

  • Guokr Badge :绿色CC许可证徽章. (文件是中文的.

Data Visualization and Graph Making

Data Visualization

JS和jQuery

Python

Graph Making

应使用专业工具制作专业图表.

  • GeoGebraCloud,'MacWinLinuxAndroidiOSWin Store`):Geogebra是一个非常酷的工具,可以制作2D和3D数学图形.
  • LaTeXDrawLinux):“LaTeX的矢量绘图编辑器.”
  • TikZ(LaTeX)
  • BoxPlotRWeb):用于生成箱形图的网络工具.

LaTeX

Tips

Symbols

  • Detexify:通过在线绘图找出符号是什么

Graphing

Fonts

Templates

References

数学排版

  • Math into Type: This is a great book for math related typography. This is copyright material. Please DO NOT redistribute.

MISC

Terminal

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